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做现代医学的研究从细胞开始，经过动物试验，最后进入人体试验阶段。不过现代医学的受试人体，叫做自愿受试者，而不是强迫。医生要与受试者签订法律合同，医生要支付受试者报酬，医生要保证受试者的生命安全，医生要赔偿受试者的副作用。因此现代医学的研究费用是极其高昂的。也正因为如此，这种人体试验只能在发达国家进行。多少年来，许多自愿受试者变成了痴呆、截瘫、丧失劳动能力。在此，我们致以崇高的敬佩。
不过即便通过人体试验的成功，也不能保证试验数据是安全的，还要经过长期的临床考验。而长期的临床考验，又发现许多花费巨资研究的药物，竟然制造出医源性疾病；这就迫使我们医生忍痛淘汰了许多药物。几乎隔上几年，世界卫生组织就宣布一些药物作废而禁止使用；这就使得一些医生很茫然，也激起了许多病人的愤慨。
因此，我们人类应当珍惜中医经过人体试验，又经过几百年临床考验的预防疾病和治疗慢性病的方法。不过，中医公开的方剂书，只是记载了许多古代医生教学用的方剂或者医生经常使用的经验方剂，以及太医院给医官所的指导方剂。而中医的秘方是知识产权，是不可能公开的。所以我们不能认为市场药物就是中医的传统药物；更不能认为市场药物制造了医源性疾病，就认为中药不过如此。因为真正的秘方，无论是选料还是制造都是独特的，不可能大量销售，也不可能公开。
长期的临床实践证明，中医几百年预防疾病和治疗慢性病的经验，是十分安全可靠的；这不仅是中国人的财富，也是全世界人类的财富。可能正是出于这种考虑，世界卫生组织才慎重提出了重视中医的号召；而且联合国大会通过了《阿拉木图》宣言。
以囚试医，应当从哪里入手呢？刘纯认为应当从辨证施治入手！
因为辨证施治是中医的最基本的指导思想。如果指导思想不清楚，那么就会一步错百步歪，整个试验过程就是混乱的。辨证的证是证候群；证候群是疾病的病理，是疾病的本质问题。那么人类的疾病到底有多少个证候群呢？《内经》的病机是19条，刘完素又新增了一条，也就是说证候群只有20个。但是有些医生把辨证施治理解为对症治疗了。因此把证候群随便划分为几百个，甚至无数个，这显然是胡编乱造了。编写《普济方》的医官都是当代名医，但是从1402年到1406年，花费四年功夫编写的《普济方》，却把证候群分为778个。这些医官显然是受命于周王朱橚贪大求全的要求，不能埋怨那些名医敷衍了事。
到底应当有多少个证候群呢？刘纯和医官们经过两年多的激烈讨论，终于参照《内经》的19条病机，把两千多年来发现的2175个疾病，根据症状归纳为16个证候群。周王朱橚是个外行，他主持编写的《普济方》，收集了1960个论点，2175个疾病，778个证候群，61739个处方。好像是面面俱到的医学巨作，其实只是问题的罗列，这让初学者无所适从，也无法指导临床工作。
刘纯花费了两年多的时间，组织医官讨论并确定了16个证候群。这是非常必要的，这就明确了研究的方向。
但是怎样去治疗这16个证候群呢？在《普济方》的61739个处方中，是应当筛选出一些处方，还是应当改进，甚至是应当创立新处方？刘纯要求医官们，必须采取制造疾病模型，然后再去找治愈的方法，去考虑这些问题。千万不能抱有门户之见。只有能够制造疾病，才能明确疾病的病因；只有能够治愈疾病，才能真正掌握疾病的治疗方法。
由于许多人得病之后，都是不想吃饭，结果是自己把自己饿死；这就要研究如何让病人想吃饭以及吃什么饭的问题。因此，除了16个证候群之外，还要加入升提胃气和食疗两个问题。这两个问题也是十分重要的。病人不想吃饭了，饿也把人饿死了，还谈得上怎么治病吗？病人吃什么饭才能迅速强壮呢？不能越治越虚弱啊！这样算起来，应当是研究18个问题。
也就是说，刘纯和医官们花费了两年多的时间，把繁文缛节的医学条文，变成了提纲挈领的18个问题。
现代的中国的中医教科书，把证候群分为千万条，真是天下奇闻。害得中国学生整天背书，害得外国学生晕头转向，害得病人莫名其妙。其实，这种极其繁琐的分类，不是真正的中医。这是民间学派故弄玄虚，是毁坏中医的伎俩。
执简驭繁，是内行研究问题的例行办法。现在皇帝下旨以囚试医，这就意味着许多临床疑问，可以通过试验去解决。医官们的兴趣高了起来，于是拟定了各种试验方案。刘纯知道试验可能要死人，但是尽量不要采取过激的方法，以免伤天害理。刘纯严格审查医官们的试验方案，经过他的批准才能实施。
据此，还把医官们分为18队。每队设立医官队长一名，请旨给予六品官阶。典狱长是个从四品的指挥佥事，负责指挥番子配合医官队长行动。另外，刘纯把南京诏狱中的犯人也分为18队。诏狱中的犯人是愿意接受试验的；因为刘纯曾经请旨，对于配合试验的犯人，可以减刑改判流放辽东。犯人流放辽东就意味着免去死刑。
是的，证候群是疾病的本质。疾病的名称很多，但是许多疾病的本质是类似的，抓住了疾病的本质，就能将问题迎刃而解。
治疗疾病的本质是非常重要的原则，不能头疼医头，脚疼医脚。例如，癌症的本质问题是小血管增生。只要破坏癌块内部的血管形成因子，癌细胞就可以失去营养供应而不杀死亡。但是如果见到肿块就对症治疗，就使用手术放疗化疗去消除肿块，而没有彻底解决血管增生问题；只要存在一个癌细胞，就会继续分泌血管形成因子，于是癌块又出现了。这就是辨证施治与对症治疗的不同之处。
西医是讲究对症治疗的，西医不去研究疾病本质问题；而是一个病一个病地提出治疗方案，这就把同一类疾病搞得很复杂。拿非典型肺炎来说，今年流行的是A病毒性，于是提出一个治疗方案，大家会治了；可是，明年流行的是B病毒性，大家就不会治了；如果后年流行的是C病毒性，大家就更糊涂了。这叫没有抓住疾病的本质。但是西医高举解除病人痛苦的大旗，确实迷惑了很多人：你发热吗，给你退热；你疼痛吗，给你止痛；你失眠吗，给你镇静；但是疾病本质是什么呢？对不起，搞不清楚！
随着时代的进步，人类将发现越来越多的新疾病；如果不能抓住疾病的16个本质，而是一个病一个病地研究，那么人类就会为了治疗几万种疾病，而罗列出几万个治疗方法。一个医学生即便一天学习一种疾病，也至少需要几十年才能毕业，那么毕业之后也就该退休了。为了缩短学习年限，如果医学院分别按照内科、外科、妇科、儿科、骨科、眼科、五官科、口腔科等分科教授学生，那么由于分科过细，毕业生就会出现隔行如隔山的现象，其知识面就会非常狭窄。例如，内科毕业生不会处理疮疖，外科毕业生不会处理感冒。这是医生吗？不！是一群废物。医生必须知识全面，才能专深一门。但是不采取执简驭繁的研究方法，是绝对不行的。
1409年，试验开始了。这18个队同时开展了工作。
☆请注意！刘纯制造疾病模型的试验，都贯穿着一个思想，这就是：病因＝主观原因＋客观原因＋诱发条件；其中，主观原因＝胃气下降＋营养不良，客观原因＝有害因素，诱发条件＝促进因素。
什么叫诱发条件呢？
例如，感冒的主观原因是胃气下降和营养不良，客观原因是空气中的瘴气（病毒、立克次体、衣原体、支原体、细菌、螺旋体、真菌）；然而在一年四季当中，只有在“忽冷忽热”的春秋季节容易发生感冒；那么这个〃忽冷忽热〃，就是诱发条件。诱发条件是重要的，没有一定的诱发条件，即便存在着主观原因和客观原因，也很难发生疾病。
☆另外，请注意！刘纯治疗疾病的试验，也贯穿一个思想，这就是：痊愈＝三分治＋七分养。其中，七分养＝升提胃气＋食疗，是首先的措施，是重要的措施，是贯彻始终的措施；三分治＝辨证施治，是后面的措施，是次要的措�