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被史密斯打败并吸收（实际上还是吸收了先知能力的那个史密斯打倒了NEO），与此同时MATRIX按下了两人的DEL键，把两个危险的程序同时被消灭，于是史密斯的外壳重所有人身上退去，而所有人都在这刻昏了过去，这才是MATRIX绕了大圈子要追求的效果，因为只有在这一刻才是启动新版本MATRIX的最佳时机，所有人都在不知不觉中进入了MATRIX7。0。
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MATRIX的前世今生
我看了很多有观MATRIX的评论，发现有些仁兄或者是没看MATRIX动画版或者是没玩MATRIX游戏版，他们对MATRIX一知半解，对MATRIX这个结构逻辑严密的系统有一些不正确（或者说是非官方）的解释，而这些解释所衍生出的种种“浪漫”“奇幻”的猜想（如ZION虚拟说，NEO超能力说，甚至在科幻片里最忌讳的宗教神秘说等等）让人哭笑不得，我不得不把各个版本MATRIX里对MATRIX系统的各种描述做个总结，让大家对电影的情节有更好的理解。
前世篇
这里的资料来源主要是MATRIX动画，一切从近未来的某一天开始，当时人工AI的机器人服务于人类生活的各个领域，这天，一台人工AI的机器人突然爆走杀死了它的人类主人，这次事故引发了类似消灭“有狂犬病的疯狗”的运动，人类社会对人工AI的机器人进行了蛮不讲理的“屠杀”和“驱赶”，大部分人工AI机器人被破坏，一小部分被抛弃的人工AI机器人汇集到一个被人类抛弃的地方开始了自立的生活（大约在中东地区某地，在那个时代估计中东的石油早被开采尽了，于是就成了荒漠），但那个原来很渺小的利用太阳能作为动力的机器人国家迅速强大膨胀，这不可避免使之的和人类发生接触和摩擦，在某一天的联合国大会上，两个人形的机器人大使试图使“机器国”加入联合国，但人类认为这是奇耻大辱，当场驱赶了机器人大使，其后机器人帝国和人类国家的各种摩擦升级成全面战争，但人类的血肉之躯难以抵挡机器人的进攻，战争中人类节节败退，输红眼的人类终于拿出终极武器“核弹”，但大规模的核爆没有能对机器人方面造成实质的毁灭，核爆后的放射污染对机器人根本无效，机器人的强大攻势丝毫未减，已经山穷水尽的人类这时通过了一个“遮蔽天空”的战斗计划，因为机器人的能源供应是依赖太阳能的，如果切断太阳能，机器人的能源供应就会出现短缺，转换能源供应体系不是短时间内能办到的（至少在人类社会里以上理论是成立的，但是对机器人。。。。），就在这个时候，发动最后的反攻一举扑灭所有机器人。于是人类开始了这个疯狂而愚蠢的计划，没多久地球的天空被一层黑色不透光的云遮蔽，但是人类期待的情况并没发生，出现能源短缺的机器人并没有大批的瘫痪，他们就地取材得把战场上受伤的人类战俘当作临时“电池”（这是MATRIX产生的最初动机，当时只是把人类简单的一排排得接在机器上，通过刺激人类的脑部使人类的身体发电，但连接在机器上的人类很快会死亡，死亡意味着电池没电，为了使电池的寿命更长久，机器人才开始研究人类的脑部，并完善了食物供应体系，使人类在连上机器后能存活更长时间），机器人击退了人类集中所有力量的最后反扑，在消灭了人类最后的**后，人类所有有组织的抵抗宣告结束，人类的时代宣告终结。其实机器人也因为人类遮蔽了天空能源出现的问题，虽然把人类战俘当电池用暂时解决了危机，但是短时间内转换能源供应体系也非易事，只有先把更多的人类当做电池来解决眼前的能源短缺，于是大批的人类被抓去当做电池，最后几乎所有地球上人类都被当电池，可是被当作电池的人类会很快死亡，于是已经对人类脑部有了相当了解的机器人开发出了可循环的人体电池系统，人类的脑部连接在一个电脑虚拟的空间里，这就是最初的MATRIX系统，在这个系统里，人类是生活在完美的世界上，所有欲望和需要都被满足，机器人以为这样的系统可以使人类长久的生存，但是对人的情感世界缺乏了解的机器人错了，连接在这个完美世界里的人类电池大量死亡。。。。。。
今生篇
现在进入电影里的MATRIX世界，这里的MATRIX是模拟人类某个历史时期，大多数人类并不知道自己生活在虚幻的世界里，但是这个虚幻的世界并不十全十美无懈可击，在世界的某个角落里总是存在着一些或大或小的BUG（如动画版里小女孩发现的奇妙废弃大楼），还有人类中的某些特殊体质的个体似乎能超越系统的控制（动画版里超越体能极限的短跑高手），更有甚者一些程序和人类接触中有了自我意识，他们学会了逃避系统的删除。这些难以估计后果的错误有可能导致整个系统的崩溃，对此早期的MATRIX是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对，可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗”并重新启动（试想一个充满BUG的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“MATRIX升级”，但是麻烦的是连接在MATRIX上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的MATRIX找到了一个“最经济”的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。
以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。这个计划的开端是设立ZION这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，ZION与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道ZION是MATRIX派出的人建立的（位置MATRIX当然是早知道的），而这些人理所当然的成为ZION的领导层，所有人实际上是在MATRIX控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，ZION的扩张也是必然的，为了防止ZION因强大而失去控制，所以MATRIX要定期毁灭ZION（举手之劳而已），而这个过程和MATRIX的升级计划合二为一。
第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知”，由于MATRIX对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹”还是“圈套”缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类。。。。。连看电影的人都被迷惑了。。。。），先让先知给那些“反抗军”少许“甜头”，然后就可以把这些家伙在MATRIX里的行动也控制起来。实际上电影里无论莫非斯还是NEO所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命”，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。
第三步就是给这些ZION的人类创造一个虚幻的希望“THEONE”，也就是电影中的主角NEO，他还有一个作用，由于那些逃避删除的程序熟悉MATRIX的操作手法，他们可不会吃“先知”的那套把戏，要对付这些“危险的系统垃圾”也需要借助这个特殊的角色，在电影里，NEO在先知的诱导下（让他去找钥匙人）去踢了法国人的场子，消灭了他很多能力强大的手下，为什么不消灭法国人，因为法国人起的也是类似ZION的作用，他把逃避删除的程序收集起来当做手下，就象把垃圾扫到垃圾桶里（法国人说白了就是一扫地的），这样才好一次倒掉（由THEONE来负责一次倒掉），估计每次MATRIX升级都会有个THEONE听了先知的引导，到法国人这里来打砸一翻，所以法国人对先知的这种手法既痛恨又无奈，这也是他想要挖先知眼睛的原因。
第四步就是开始清理系统内外，这个步骤需要先知的诱导和NEO的强大能力，首先是使NEO获得能力并对先知言听计从，这段过程大概是黑客第一集的内容，然后就是对系统内的逃逸程序进行打击，先知以找钥匙人为诱饵，让NEO一伙和法国人的手下火拼，结果法国人手下全灭，法国人夫妻出于对这个“游戏