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崇祯三年，他加入了在当时社会影响最大的文人团体一复社。这是一个与奸臣党斗争的文人联合组织。黄宗羲与顾宪成之孙顾杲作为发起人，联合贴出了声讨第二个魏忠贤式的人物——阮大铖的《南都乱公揭》，一下子轰动了南京。阮大铖刚要跃跃欲试、仿效魏忠贤的丑恶阴险的嘴脸暴露无遗，只好躲起来，再也不敢公开活动。
崇祯死后，阮大铖的死党马士英辅佐朱由崧在南京称帝，阮大铖又出任弘光帝政权的兵部尚书。他一上台便抛出一个名叫《蝗蝻录》的黑名单，大肆捕杀东林党人和复社成员，黄宗羲不幸被捕。后因提审延期，在1645年清军攻进南京后，黄宗羲得幸逃脱出来。
这时，张国维、张煌言等在绍兴拥立鲁王朱以海坚持抗清，黄宗羲集合起黄竹浦子弟数百人起兵响应，他被任命为鲁王政权的监察御史，从此踏上了八年抗清的艰辛历程。鲁王政权中主持军务的孙嘉绩、熊汝霖等人是一帮没有指挥才能，更不敢率兵出击收复失地的书生。黄宗羲处处受到这帮庸人的节制操纵，不能有所作为。
1646年六月，清兵进入浙东，鲁王南逃。黄宗羲率领五百名残兵在四明山结寨固守，抵抗清兵的进攻，但终因力量单薄而被打败了。
为了躲避清朝统治者的悬赏通缉，黄宗羲置身于深山草莽之中。在食宿十分艰难的情况下，他仍然以顽强的毅力创作完成了《春秋日食历》、《授时历》、《故大统历》、《新推交食法授时历》、《西历假如》、《勾股图说》、《开方命算》、《割圆八线解》、《测圆要义》等一些天文学、数学方面的著作，为我国科技史增添了光辉的一页。
在亡命的日子里，他得知鲁王在建跳，曾再度投奔鲁王的帐下，但这时鲁王的政权已晚景凄凉了，一帮愚蠢的将领左右着鲁王，连提一句建议的机会也没有，还留在这里干什么呢？于是他决定回乡“毕力于著述”。
1661年康熙帝即位，清朝统治已稳定下来，这一年黄宗羲也结束了武装抗清的斗争生活，从此避居乡间，专心著述。1663年，著名的《明夷待访录》问世，在这部书中，黄宗羲提出了两大著名的思想，在中国思想文化史上树起了一座丰碑。
其一，他提出了“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之快乐”的思想，严斥君主专制制度，书中字里行间闪烁着民主思想的光辉。该书后来成为晚清戊戌变法中维新派的有力思想武器。
其二，黄宗羲在《明夷待访录》里还提出了“工商皆本”的先进思想。中国古代社会，商人经商一直受到抑制，被认为是最低贱的行业，致使中国古代社会一直处于小农经济的状态，社会发展缓慢。黄宗羲敢于向传统的愚昧专制思想挑战，这在当时是需要相当大的魄力和远见卓识的。
1665年，黄宗羲收徒讲学，后来成为著名学者的万斯大、万斯同等人都出于他的门下。1667年，他又恢复了他的教师刘宗同创办的证院。
黄宗羲讲学注重教给学生做学问的途径和方法，强调读书必须实用。他教学的内容，除了经、史、子、集外，还有历法、天文、数学等自然科学，他深受学生们的欢迎，在二十几年的时间里，有一百多人拜他为师，这时，他已是一个学生满天下的学者了。
1678年，康熙为了笼络汉族地主，开博学鸿辞科取士，命令三品以上的中央和地方官吏推荐人才。掌院学士叶方蔼向康熙推荐了黄宗羲，但被黄宗羲婉言辞谢了。两年后，清政府聘请他任《明史》编修的顾问，他以气节为重，再次力辞。康熙没有勉强，只是要求他把所写的有关历史方面的著作全都抄送入京。
虽然黄宗羲没有直接参与《明史》的修撰，但《明史》的修成，也凝聚了他许多心血。比如《历志》，虽不是他执笔，却是经过他的审阅才定稿的。另外，他让自己的儿子黄白家参加了史局。
1676年他完成了另一部重要著作《明儒学案》。在这部著作中，他把明代二百多位学者的著作系统排比，阐明每个学者的学术渊源，学说宗旨及演变。评论公正，分析深刻，在中国历史上还是首创。晚年他又完成了《宋元学案》，使七百年间儒苑门户一目了然，在中国学术史上是一个杰出的贡献。
黄宗羲晚年仍然非常勤奋，每天读书不完成规定的卷数绝不休息，他以八十四岁的高龄编撰了四百八十二卷的《明文海》这部巨著。
1695年，黄宗羲与世长辞。死前他留遗嘱，要求家人在他死后“于次日安葬，殓以时服，一被一褥，安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹巫觋旌幡纸钱一概不用”。
这是对当时盛行的佛教唯心主义思想最大的轻蔑，也是他唯物主义认识观的彻底表现，他以特有的铮铮风骨，昂扬的战斗性格、博大精深的学术思想为自己的一生做了很好的总结。
二、顾炎武与《日知录》
顾炎武，江苏昆山人。出身江南大族，他父亲是个很有见识的人，认为读书一定要研究实际。顾炎武受祖父的影响，从小就喜欢读《资治通鉴》、《史记》和《孙子兵法》等书，十分关心时事。后来参加科举，没有考中，就干脆放弃了科举，通读历史典籍，研究全国各地的地理和历代名人奏章，开始编写一本重要的历史地理著作《天下郡国利病书》。
正当他用心治学的时候，明朝灭亡，清兵南下，江南各地人民纷纷起来组织抗清斗争。顾炎武和他的两位好友也参加了保卫昆山的战斗，昆山军民在跟清兵激战二十一天后，终因寡不敌众而失败，昆山城陷落的时候，顾炎武的生母被清兵砍断了右臂。抚养他成长的婶母（也是他的继母）听到清兵破城，就绝食自杀了，临死时嘱咐顾炎武誓死不受清朝俸禄，说完闭上了眼睛。
顾炎武痛哭着安葬了继母，准备离开家乡投奔鲁王，但还没有动身，鲁王政权就已经覆灭了。后来顾炎武隐姓埋名，在长江南北一带奔走，想组织一支抗清的队伍，但终因势单力孤，没有成功。
当时，沿海和太湖一带还有零星的抗清活动，清朝官府防备很严，如果发现有抗清嫌疑的人，就要加上“通海”的罪名，打进监狱。
昆山有个地主叫叶方恒，想吞没顾炎武家的田地，就买通顾家的仆人，举报顾炎武“通海”。顾炎武于是被清政府抓进了监狱。一些朋友为了搭救他，去找在清朝做官的钱谦益帮忙。钱谦益本来是南明弘光政权的礼部尚书，又是个出名的文学家。清兵南下时，他投降了清朝，名声不好。
对于顾炎武的难处，钱谦益表示，只要顾炎武承认是他的学生，就愿意保他出来。那位朋友知道顾炎武是不会那样做的，于是就自作主张，假造了一张顾炎武的名帖，送给钱谦益求助。这件事后来让顾炎武知道了，直怪那朋友多事，非要把名帖讨回不可，朋友不肯，顾炎武就索性在大街上贴告示表白，声明那张名帖是假的，弄得钱谦益十分尴尬。
经过朋友们的多方奔走，顾炎武才被释放出来。但叶方恒还不肯罢休，派人追踪他。有一天，顾炎武在南京太平门外经过，遭到暴徒袭击，头部受重伤，幸亏有好心人救护，才脱离危险。顾炎武知道，他在江南待不下去了，于是决定到北方去游历。他去北方游历有两个目的，一是想考察各地的地理形势，风俗民情；二是想找机会结交一些志同道合的朋友，进行抗清活动。
顾炎武在长途跋涉的艰苦环境中，仍没有放弃学术研究，一路上，他用两匹马、四匹骡子驮着他的书籍，遇到关塞险要的地方，他就访问当地的退伍老兵，了解那里的风土人情，如果跟他在书本上读到的不一样，就拿出书本核对，这样，他的知识就更加丰富充实了。
顾炎武从四十五岁起，用了二十多年时间，在山东、山西、河北、江南各地来回奔走。他把一腔的苦闷倾注于学术研究中。旅途上，手不释卷。在马背上展卷低吟；旅馆中挑灯圈点，勘察地形，寻找地名的沿革。其间，他完成了《营平二州史事》、《山东考古录》、《冒平山水记》等一批重要著作。
晚年，他在陕西华阴定居下来。顾炎武从小读书有个习惯，有一点心得就用纸笔记下来，后来如果发现错误，又随时修改，发现跟古人议论重复的，就删除去掉，这样日积月累，再加上他从调查访问得到的材料，编成了一本涉及政治、经济、史地、文艺等内容极其广泛的书，叫做《日知录》。
这部书被公认为是极有学术