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而从整个医药行业来分析，其风险主要在五个方面。
1。产品研制周期长
创新是医药的灵魂，医药生产企业最重要的任务是研制开发具有自主知识产权的新药，只有大量开发它们才能形成自己的名牌产品。曾经在世界化学制药业排名第一的英国葛兰索公司，靠的就是以盐酸雷尼替丁为龙头的名牌产品系列。开发一种新药周期很长，新药研发生产的过程（环节）表现为：实验室——中试——临床许可——临床实验——生产许可——生产工艺、质量控制——销售。研制一种新药所花费的时间在20世纪80年代约用9年，现在已延长到11年多。开发具有自主知识产权的新药一般的制药企业均难以承担，因为研制开发一种新药一般需要投资数亿元并耗费多年时间。这种高投入、高风险、高回报的三高开发，一般需要强大的人力、物力的支持。目前，医药企业在目标设立方面，过于注重短期目标，而对于长远目标往往缺乏规划。表现在技术创新方面就是总希望能够从企业外部得到立即就可以投入生产的产品，企业最多从生产准备阶段介入创新过程。的确，通过单纯的购买新药证书等方式，在市场上可能会取得短期的经济效益，但是，由于决定企业长远发展的技术能力培养必须通过长期实践的方式来积累，因而这种不以技术为基础的发展是不可能长久的。这样作对企业的持续发展很不利，因为这实际上是缺乏技术创新意识的一种表现。企业过于关心短期利益的获得，而不将技术创新、培养核心能力作为企业竞争战略，最终会导致企业发展缺乏动力，难以步入良性发展轨道。
2。投资回收周期长
医药产业链中除了研发、生产、销售一般产业环节外，还包括申报、临床实验、评价、上市等一系列复杂的产业化过程。由于投资额巨大，周期又长，这意味着要投入更多的钱，却比别的产业收获要慢得多。
3。技术风险大
药品从研发到临床应用需要经过漫长的试验、临床阶段、评价阶段，任何一个环节的失败都将使研发工作功亏一篑。据最新资料统计，研制早期的药品其侯选药物约每5000种才能有一种进入市场，进入临床试验的药物每5种才有一种进入市场，其余的药物都被淘汰掉。其风险具体为技术风险、政策风险、生产风险和市场风险。从投资人来看； 研发中技术风险和政策风险最大。转让价格却又受生产风险和市场风险影响。
4。市场竞争加剧
（1）跨国医药企业的投入增加。迄今为止，世界医药30强中有26家，50强中有31家，在华设立了合资生产企业，其中有5家有不止一处投资。因此可以说，世界大型医药企业中有实力进入中国的都已经进来了，而排名靠后的企业还暂时没有实力单独进入中国市场。同时我们看到，虽然已经进入中国，但由于体制限制，现有各大跨国医药企业的决策权都集中在总部，在中国只有销售的权力，不能进行资本运作，而市场营销操作中由于预算所限，市场投入的力度不够。另一方面，跨国企业大多是把其在国外已经过了峰值销售的产品带进中国，并没有针对中国构筑产品线，而跨国公司在国外的以巨资打开市场销售的做法造成其产品选择重单一产品的销售潜力，不重产品系列化，因此在中国，跨国企业虽然有好产品，但是兵力分散，投入不足，造成其产品普遍增长乏力。这一普遍现象虽然在短期内难以缓解，但从长期的角度看，随着中国医药市场潜力的进一步明确化，中国和国际法律法规的逐步接轨，中国资本市场的不断完善，跨国公司很有可能加大在华投入，同时在中国采取更加灵活的经营方式，介入中国资本市场，并建立更加强大的市场力量。到那时，由于产品研发的领先，外企很可能会夺回一部分市场份额，重新占据高端市场，有可能重演中国家电领域发生的内外企的争夺战。
全球排名第一的特许经营医药连锁Medicine Shoppe登陆深圳，与当地商户签约中国特许经营项目，标志着医药零售行业第一个国际医药连锁品牌进入中国。其实，目前海外企业对加入中国的药品物流业仍然抱观望态度。瓶颈是人力资源、管理、成本和网络，只有解决了这些瓶颈问题，外资才能进入。外资首先将从沿海地区进入，然后再作区域性发展。预计在药品分销服务业完全开放之后，国内医药企业和跨国巨头之间的竞争将更加激烈。
（2）竞争过度，互相压价。由于国内医药行业重复生产严重，在竞争的压力下，大部分企业降价让利，无利销售甚至亏本销售。在医疗机构药品招标采购中，部分药品生产和批发企业，为维持其在医疗机构的市场份额，竞相以低于成本的价格投标。相当部分生产经营企业以原价格的百分之四十至百分之五十中标，个别企业甚至以原价格10％～20的价格投标，低价倾销。部分政府定价药品，特别是新药，如干扰素、泛昔洛韦等随着生产厂家的增多，社会平均成本下降，但仍按原研创厂家的生产成本定价，也必然会出现市场实际价格与政府定价的差别。
真正的竞争压力还不是国内现有医药企业。中国是传统的四大医药体系之一，但长期以来，中国在医药管理体制、技术创新能力等方面都存在着许多的问题，使得中国医药的开发研制，产品的生产销售成本过高，价格昂贵。在国际医药市场上，由于一些国家采用先进的技术设备、领先的科技水平以及一流的管理经验，使得其医药成本较低，市场价格下降。但是由于中国对国外医药品征收较高的关税并设置了非关税壁垒，因而，便宜的国际市场的价格难以在中国医药市场形成。随着中国的加入世贸组织，依照该组织的原则和精神，国家之间大量降低关税，消除非关税壁垒，因而大量的国际医药产品涌人中国市场，给中国的医药产品以巨大的冲击。
（3）假冒伪劣猖獗。生产销售假冒品牌药品，无需对产品研制以及市场开发的投入，非法药商通过对知识产权和商标权的侵权行为获得暴利。假冒药品的生产经营成本一般仅相当于正当生产经营成本的百分之三十左右，在市场中占有绝对价格优势。质药品一般通过低限投料、减少装量等手段降低成本，获取利润，在价格竞争中也占有明显优势。客观存在的偷税漏税、销售走私药品等非法活动也为经营者提供了一定的降价空间。因此，假冒伪劣产品不仅是给患者带来灾难，同时使正规经营管理的企业蒙受重大经济损失。
4。知识产权纠纷
我国医药行业多年的快速发展很大程度上得益于大量仿制国外药品，由于科研水平较低，研发费用投入严重不足，致使新药开发能力弱，我国生产的化学药品中97。4％是仿制国外药品。
根据WTO的有关协议，我国将落实对100多个成员国都要实行知识产权保护的规定。按照知识产权保护有关条款，在专利期内仿制某种新药，开发方有权索取4～10亿美元的赔款，若买断一个专利新药的生产许可，亦需支付500～600万美元，这将使以仿制新药为发展手段的制药企业面临缺乏新产品的窘境，严重影响产品的升级换代和新产品的开发研制。
今后药业企业的发展只能走自主开发新药，或仿制国外专利期已过药品的道路，但仿制专利期已过药品竞争激烈，利润微薄，而开发新药又会面对资金与科研等难题。因此，知识产权保护将使医药企业的发展面临严峻挑战。
中国入世以后，知识产权保护对医药业的影响也开始显现。今年跨国制药巨头辉瑞和10多家国内药企的伟哥之争，吸引了国内外制药企业和有关人士的关注。美国华尔街日报在《中国入世一年履行情况大盘点》中，引用华盛顿的美国药品研究与制造商协会负责亚洲事务的副总裁约瑟夫·戴蒙德的话，认为万艾可在中国严重被假冒。该协会的一些公司成员抱怨说，一些刚刚开发的处方药在美国还未推出，在中国就有了仿制品。无疑医药知识产权的保护要成为今后的一个焦点。
5。法律责任重大
医药行业人命关天的特点使从业人员负有很大的法律责任。国家医药管理局与药品有关