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爱德华·约尔登（Edward Jorden，1569—1632）另外提出了一种让人更能理解的化学论方案。像这一时期大多数化学论者一样，他是一位彻底的生机论者。尽管他接受了当时人们普遍持有的金属生长的观点，但是他以一种新的方式对此作了说明。他开始起劲地研究炼金术的“发酵”过程，他将其解释成一种不需要空气就能产生热的反应。他认为，这一定是无机物生长的原因。这种新的热源使人不需要令人烦恼的中心火观点就能理解火山和山泉。
小宇宙和医学理论
帕拉塞尔苏斯派的化学论哲学被认为是对整个自然界的一种新的观察研究，但它从一开始就对医生具有一种特殊的吸引力。帕拉塞尔苏斯坚决认为，是上帝而不是星宿把他造就成了一位医生。他的追随者们也持这一观点，并补充说，由于神性的原因，医学的地位应高于其他各门科学。在此，他们都反映了文艺复兴时期新柏拉图主义的教士…医生观念（the priest…physician concept）。这种观念的最终来源很可能可以在《旧约·传道书》（Ecclesiasticus）第38章第1节里找到：“你所需要的医生是多么荣耀，因为是至高无上的主造就了他。”其实，在帕拉塞尔苏斯看来，医生的作用完全可以与真正的自然法术师相比。
帕拉塞尔苏斯与其早期追随者们坚定地信奉大宇宙小宇宙的类比。人是其周围大宇宙的一件微小复制品，其体内体现了宇宙的所有部分（图2．4）。无论什么时候，在较大世界与较小世界之间寻找一致性都被认为是富有成效的。相容与相斥的理论被用来解释宇宙的相互作用。亚里士多德派学者们坚决主张通过接触产生作用，而与此相反的是，帕拉塞尔苏斯派学者们发现接受远距离作用毫无困难。因此，这就很容易理解为什么帕拉塞尔苏斯派的赫尔墨斯神智学信奉者会最先起来为威廉·吉尔伯特（William Gilbert）①的磁实验研究辩护。在医学领域，引起争议的武器药膏疗法（通过含有对武器而非受伤者进行处理的相容性来治疗）确实表现了这种远距离作用的可能性。
①英国医生和物理学家（1540…1603），磁学研究的先驱，是英国第一个接受哥白尼观点的重要人物，认为保持行星在其轨道上的力量是一种磁力。——译注
在帕拉塞尔苏斯派看来，盖仑医学的体液理论已经不再适用。把疾病视为内部体液不平衡的传统解释遭到了帕拉塞尔苏斯的抛弃。他更喜欢强调作为三要素之一的身体内部那些局部机能失调。在他看来，疾病的主因可以在通过空气、食物或者饮酒进入人体的那些外在种子般的因子里找到。这些因子先集中在局部，然后在各种特殊器官里生长。在此可进行大宇宙和小宇宙之间的一种类比。与地球内的金属“种子”导致了金属矿脉生长的方式相同，当疾病的“种子”与某个器官的局部生命力（Life force）进行斗争时，它们便在体内生长。这种生命力从废物中分离出纯净的物质，在某种方式上类似于炼金术士在实验室里从未经提炼的物质中分离出纯净的精华。
大宇宙对于人的关系具有更多的化学蕴义。法国的帕拉塞尔苏斯派学者约瑟夫·迪歇纳（Joseph Duchesne，1544—1609）在谈及呼吸器官疾病时，所根据的是其他化学医学家（或医学化学家）在解释山泉成因时所运用的同样的蒸馏类比方法。这个例子说明了帕拉塞尔苏斯派学者对各种化学类比的不断探求。空气被赋予特殊的意义，它被认为是维持火和生命的不可或缺之物。如果一方面，硫气与硝气的结合能产生空中的雷电或地内的温泉，那么另一方面，当吸入这些物质而引起具有各种发热与发烧特征的疾病时，它们也许在体内发生反应（图2．5）。到了17世纪早期，硝气逐渐与人们需要的一种生命力联系起来。的确，这种生命力有时等同于“精气”（spiritus mundi）。人们假定，这种物质从肺部未经过滤的空气中被分离出来以后，就形成了动脉血。由于他们坚持这一概念——或者这种概念的变种，因此，当我们发现17世纪的帕拉塞尔苏斯派学者反对放血术这一常用疗法时，就毫不奇怪了。他们认为，这样做只会削减病人必需的生命力。同时，对放血疗法的柜斥反映了他们与传统的体液病理学的对立。
如果说帕拉塞尔苏斯派的化学论自然哲学为医疗化学家提供了一个概念框架，那么它也为其实际工作提供了一个基础。由于热与火的重要性，因而对尿的新的化学分析与新的化学药效形象说都具有蒸馏程序的特征。同样，帕拉塞尔苏斯派学者在对矿泉浴场的药用水成分的研究中，推动了分析化学的发展。该领域一种悠久的中世纪传统不但导致了各种分离测试的发展，而且也导致了各种真正的分析程序的发展。帕拉塞尔苏斯派学者很快适应了这一传统并对其加以发展，这也就可以理解了。到了1571年，罗纳德·瑟内萨（Leonard Thumeisser，1530—1596）运用了定量方法、溶解性测试、结晶学证据以及火焰试验。而在17世纪早期，爱德华·约尔登提倡用“猩红布”（scarlet cloth）的红…蓝颜色变化，作为我们今天区分酸性和碱性液体的常规测试。这些人的工作给该世纪晚期罗伯特·波义耳的分析研究提供了必需的基本资料。
新的化学分析的结果被运用于实际应用。化学家们现在能够教给那些无法到矿泉浴场去的人制备人工矿泉水的方法，同时，这种分析资料增加了使用那些以化学方法制备的各种药物的争论。帕拉塞尔苏斯派学者们激动地争辩说，他们所处的是一个崭新的动荡的时代——这个时代传播了各种不为古人所知的蹂躏人类的疾病