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旧工业区进入到生物实验室。
这时，来自Xen的军队开始了对黑山基地的入侵，大量异形军队通过尼赫伦斯（Nihilanth）的传送门到达地球，军方一下子就陷入了混乱。戈登则再次利用军方的混乱，直接从地面进入了λ要塞。由于λ要塞已经被科学家完全封死，加上要塞内部的“异次元封锁系统”，军队与Xen军队都未能进入。
军队很快就无法继续控制黑山的状况了，最后，只能撤退，而且是慌忙的撤退，把许多士兵丢在了黑山。戈登到达λ要塞之际，也正是军队撤退之时。
3、尼赫伦斯之死
戈登到达λ后，λ要塞的封锁系统发生了故障，Xen军队得以传送进入了λ要塞。戈登在开启λ要塞的主反应炉的水泵后，突破了异形的堵截，到达了反应炉顶端，这里曾经是第一观测小组的供应储藏室。
λ小组建议戈登通过他们的传送仪去Xen，因为λ小组已经侦测到Xen军队入侵所使用的传送门是由一个生命体创造的，也就是Xen的首领——尼赫伦斯，戈登只有杀掉它，才能挽救这场灾难。
就这样，戈登被送到了Xen，最后，杀掉了尼赫伦斯，解放了弗地冈（Vortiguant）种族。
在结尾，Gman终于与戈登面对面的交谈了。并要求戈登为他工作，要么就面对一场“永远打不赢的战争”。戈登为了保命，迫不得已的接受了Gman的要求。HL1的故事也就结束了。
我们相信Gman是用一种活体冷冻技术将戈登保护了起来，于是戈登进入了沉睡。
（三）OP
阿德里安所在的部队在进入黑山时，由于遭到异形空中部队的破坏，所以损失惨重，阿德里安也受了伤。一些还不知情的科学家，以为军队到黑山是为了救援，就把阿德里安给救了。但没想到，此时军队已经开始了撤退，而阿德里安正是被遗弃在基地的一名士兵，是Gman拦住了他逃亡的道路。
阿德里安在撤退失败之后，与黑衣部队（BlackOperation）发生了冲突，干掉了护送核弹的黑衣部队成员。并通过λ要塞的封锁缺口混入到λ要塞，与戈登相遇，但没能阻止戈登进入Xen。此时，来自另一个世界的生物X族（Race－X），也已经开始了对黑山基地的进攻。
经过在黑山基地的一天逃亡后，阿德里安再次阻止了黑衣部队引爆核弹，但Gman重新开启了它，摧毁了黑山基地。最后，阿德里安杀死了X族的基因蠕虫（GeneWorm），Gman则将阿德里安囚禁了起来。
（四）BS
实验进行当天，巴尼在C区接受到了维修G区主电梯的任务，但是当天黑山许多设施发生了故障，无奈，巴尼只得步行前往G区主电梯。在完成电梯维修之后，恰逢串联共振现象发生，巴尼所在电梯发生坠落，电梯中所有人员只有巴尼一人侥幸生还。
生还后的巴尼通过废水系统到达了地面，却因为地面上军队的封锁再度回到地下，并从一名重伤的科学家那里得知，要去找到罗森堡博士（Dr。Rosenberg）才能想办法脱身。在经历了一番激战后，巴尼终于找到并救出了罗森堡博士，博士便带着巴尼来到地下一处废弃的实验室与另两名科学家会合，这里有一台老式的传送仪，由于传送仪的原理问题，巴尼被罗森堡等人送到了Xen以便调整仪器。
当巴尼返回地球时，传送仪已经耗尽了电力，于是巴尼再次被罗森堡等人送到地下深处获取一块充满电的电池。
一切准备就绪之后，军队也已经攻入到传送仪附近，但最终，几个人还是在千钧一发之际利用传送仪逃离了黑山。
（五）HL1与HL2的过度
HL1与HL2之间的过度，时间接近20年。
1、文明陷落
在黑山事件之后，Xen生物仍在继续曼延，迅速扩张到全世界，给人类带来了混乱。而真正让人类文明陷落的不是Xen生物，而是一个来自其他空间的星际联盟——联合军（bine）。联合军，并开始策划进攻地球，准备将地球沦为殖民地，人类沦为奴隶。在联合军的精心准备之后，一场大战爆发了。
联合军对地球发动了进攻，战争仅仅持续了7个小时，人类就遭到了惨败，华莱士？布林（WallaceBreen）——过去黑山的管理者——劝告人类尽快投降，以防遭到灭种的危险。结果，联合军仅仅用了7个小时，就占领了地球。布林则成为了联合军的傀儡，负责“管理”地球。
哪里有压迫，哪里就有反抗，人类并不会轻易地就接受来自另一个物种的奴役。人类自发组织了反抗军，与联合军对抗，伊莱与克莱纳等黑山事件幸存的科学家便是反抗军的领导力量，弗地冈也不满联合军的统治，做为有理智的生命，他们与人类结盟，共同反抗联合军的暴政。
2、bine的统治
联合军在控制地球后，开始了一系列殖民措施。
他们首先将人类的城市重新命名为1号城、2号城……在HL2时期，17号城（City17，C17）被设立为首都，联合军的大本营就在这里，布林在HL2时期时就在这里的城堡（Citable）的顶端。为了集中人类的生存据点，联合军在各大城市周围布置了防线，防止Xen生物侵入城市，外界则任凭Xen生物泛滥，这样，大多数人都主动选择了到城市居住，外界则成了Xen生物与反抗军的空间。
联合军还设置了“生殖抑制力场”，使得人类无法生育，剥夺生育权，让人类慢慢的灭绝；他们在人类的饮用水中加入了某种特殊物质，让人类的记忆逐渐消退，有利于人类服从联合军；同时，人类的居住地必须由联合军决定，被来回不断地迁徙，无法定居；反抗联合军的人，被捕后有可能被联合军改造为幽灵（Stalker），为联合军服务；布林通过各种媒体向人类灌输顺从的思想……为了最大限度的吸收人类成员，联合军组建了一个警察组织——国民护卫队（CivilProtectionUnit），他们全由人类中的“叛徒”组成，参与者可以得到好的食物，满足性的需求，这样，大量人类都加入了进来，为联合军效力。国民护卫队成了联合军施行恐怖镇压的一个有效手段。
联合军还制造了用猎头蟹（Headcrab）装填的炮弹用于清剿反抗军。他们向反抗军的据点大量倾泻猎头蟹炮弹后，可使当地的人全都变成僵尸（zombie）或被僵尸杀死。
联合军的军队又称装甲核心部队（Overwatch），装甲核心的部队分类很多，在这不作详细介绍。
（六）HL2
1、英雄归来
Gman再次唤醒了戈登，让戈登挽救被联合军践踏的人类文明。
戈登被送到17号城的火车站，在那里遇到了他曾经在黑山的朋友巴尼（Barney）——现在在国民护卫队做反抗军的卧底。巴尼让戈登去克莱纳的实验室。路上，联合军搜查正在戈登所在街区，是爱丽克斯（Alyx），也就是伊莱的女儿救了戈登。这样，克莱纳、爱丽克斯、巴尼与戈登四个人就聚在了一起，戈登在这里得到了他的新衣服——由克莱纳改进成的HEVⅤ（是罗马数字5，并不是V）型防护衣。正好当天克莱纳与爱丽克斯完成了时空传送机的装配，他们决定利用这个传送机把爱丽克斯与戈登送到伊莱的实验室，结果，在传送戈登时，传送机发生了故障，联合军发现了戈登，戈登不得不徒步沿着运河走到伊莱的实验室了。
联合军发现戈登后，立刻派出了大量部队，整个城堡也处于了戒严状态，由于戈登在铁路沿线出现，所以，全市的国民护卫队几乎都被派到了铁路与运河，随时准备逮住戈登，此处的许多反抗军地下站也被联合军趁机清除掉了。
国民护卫队并没有能阻止戈登，相反，受到了重创。戈登在反抗军的帮助下，弄到了一条汽船。戈登开着汽船，通过了联合军设置的数个关卡，最后到达了坐落于旧水利厂附近的伊莱的实验室——黑山基地东区。在这里他遇到了伊莱、爱丽克斯与莫斯曼。
在黑山东区，戈登获得了重力枪（GravityGun）。正当戈登练习使用重力枪时，联合军对这里发动了突然袭击，由于隧道被堵死，戈登不得不一个人前往已经被僵尸控制的矿场——莱温霍姆（Ravenholm）。在当地的格里高利神父（FatherGrigori）的帮助下，戈登逃出了莱温霍姆，与外界的反抗军取得了联系。
2、反抗
从莱温霍姆出来的戈登，在码头帮助驻守的反抗军与正规部队展开了交火。在反抗军的帮助下，利用无线电与爱丽克斯通了话，得知伊莱已经被捕，关押在大型监狱�