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随着牛痘和霍乱疫苗的研制成功和广泛使用，积累了一大批具有生产经验的科研人员，之所以这么说是因为这些人对现代免疫学的理论并不熟悉，尽管在教学和实践过程中我向他们传授了很多的这方面的知识，可是还没有成体系。但这些人在应用上帮我解决了不少问题，例如病毒的传代增值，疫苗灭活等等，这些都不用我再亲力亲为了，可是一旦涉及试验和技术路线的设计这些人就都派不上用场了，还得我亲自操刀。这是一个十分艰苦的过程，可以说我是从一穷二白起家的，所有的试验器具都是由我一个人设计的，填补了一个又一个空白，所有的试验方法也都是由我建立的，我不得不负责对分离的病毒进行回归试验来鉴定（重新注射入动物体内观察临床症状以此判断其到底是什么病，尽管这种方法简陋但是却是目前唯一可行的，因为在古代我无法利用现代分子生物学的任何知识去准确判断这些病原体）。同时我还要找到这个时代最适合病毒繁殖和培养的方法，很多在现代看起来很简单的办法在古代这种简陋的情况下根本没有办法实施。
好在这些难关我一个又一个的闯过去了，最终完成了这两种烈性传染病的疫苗研制工作，疫苗完成研制还不算，还得做安全试验，据现代的科学家研究，口蹄疫病毒可以顺风传播几百里甚至是数千里，其毒力仍不减弱，而马腺疫病菌也是通过飞沫传染的，这也是我选择这两种病毒作为攻击病毒的原因，毒力强，传播广泛而迅速。可是在攻击敌人之前首先保证的是自己不中招，安全和有效的疫苗至关重要，所以安全试验称为一个必需的环节。
终于在接近三月的时候第一批安全的疫苗运往辽东，整个辽东的所有大牲畜都被强制接种疫苗，在这一点上百姓们倒是很配合，毕竟是免费的，而且牛痘的发明使得婴儿的死亡率降低到最低点，这使得百姓对我生产出的这种灵药信心百倍。
由于马腺疫和口蹄疫的种属特异性使得病毒攻击具有针对性，而朝鲜和辽东的战马以及牛羊都已经经过特殊免疫，是以对我进行病毒攻击的两种病毒具有抵抗力。这是最基本要做的，在病毒攻击之前我还命令辽东蒙古诸部的牛羊向东迁移数百里，将放牧区规定在辽河以西，并且禁制和蒙古进行任何牛马交易，坚持自己繁殖自己饲养的原则以此来减少受感染的可能性。
阳春三月，正是万象更新的时候，由于气温转暖已经适宜病毒的繁殖和传播，为了配合这次病毒攻击，联军采取了一系列的措施诱导清军将主力入关，在这一个冬天里，在敌后游击的小分队先是加大活动力度，对清军占领的堡垒和要塞进行不间断攻击骚扰，迫使皇太极将更多的兵力投放在关内，而随同清军入关的自然还有大量的牲口。随着清军的大量入关，我军开始逐渐减少活动的频率，造成一种我们迫于压力正在收缩兵力错觉，以使得皇太极希继续增兵保持这种优势，不断向我军进行压迫，在先后失掉两个山东外围的据点后，病毒攻击正式开始。
公元1633年春4月这将是一个被世人牢记的日子，人类历史上第一次大规模的生物攻击就此拉开序幕，不同于一般的生物武器，这次攻击选择的是女真和蒙古人赖以生存的牛羊猪马，而不是人，毕竟人才是最宝贵的资源，同时我也没有针对特定人群进行攻击的病毒。
首先发病的是山西的牲畜，随着春季的到来，运送到山西供给清军的牛羊以及山西本地的牲畜率先出现体温升高，精神萎靡，闭口流涎等症状，随后这些牲畜的唇内面、齿龈、舌面和颊粘膜发生水泡，不久水泡破溃，形成边缘不整的红色烂斑。与此同时趾间及蹄冠相继发生水泡、烂斑，病畜跛行，而初生的犊牛死亡率已经上升到30％以上，有经验的牧民知道这是瘟疫来了，可是面对病毒却束手无策，只能眼看着一头又一头的牛死亡。
伴随口蹄疫发生的还有马腺疫，最明显的特征是马颌下淋巴结出现急性肿胀，有的足有拳头那么大，溃破后还留出腥臊恶臭的浓液，假如将病死的战马解剖会发现身体内的多个组织都发生了溃烂，这主要是由马腺疫链球菌而引起的，几乎凡是被感染的战马都无法进行任何常规的训练，就更不用说作战了。
紧随山西之后的是河北以及陕西，陕西纯粹是被殃及池鱼，没有办法病毒一旦传播开就不再受我控制了，这场病毒攻击在北方足足的延续了长达半年之久，而南方也好不到哪里去，可是那里毕竟牲畜的数量不多，更何况还有长江阻隔。到了后来百姓也学精了，禁止任何从疫区进入的动物乃至是人，一时间全国的肉类价格迅速上扬，能吃的只剩下鱼类和禽类了。
为了更好的配合这次病毒攻击，我很巧妙的操纵的舆论攻势，“天下将亡必有大疫”的观念深入人心！更有甚者将之归罪于“君王无德，上苍惩罚”。只有我和少数几个知道事实真相的人掩着鼻子在那里偷笑。
皇太极这些天几乎就没有睡上好觉，一处又一处的疫情弄得他心惊胆战，直觉上他认为这次事件和我脱不了干系，否则为何那么多地方爆发疫情唯独我的占领区一片祥和呢？但是他现在几乎没有功夫来想这些事，他必须要筹措军粮。春天本来就是闹春荒的季节，他提早将牲畜从蒙古运来就是为了应付这次春荒好能稳住民心，使得他在中原站稳脚跟。但是谁能像大这样一场突如其来的瘟疫呢，现在不单是军中无粮，就是百姓的粮食也少的可怜，自从瘟疫爆发后那些该死的“土匪”又开始了大规模的骚扰行动，使得到乡县征粮的部队屡屡遭袭损失惨重。
怎么办？撤回蒙古，不，能有今天的局面来之不易，更何况撤回蒙古只会更糟，因为蒙古也开始大面积的爆发瘟疫，回到蒙古一样会被困死。
皇太极紧紧地盯着地图，看着仿佛是一支钢钉一样楔入中原的山东，目前只有山东和辽东未受影响，也只有这两地最为殷实，既然你李开阳把我往绝处上逼，那我也就拼着鱼死网破了，我就不信你小小的山东能禁得起我二十万大军的攻击。
所谓二十万大军其实有十多万是皇太极入关后在北方招募的部队，这些部队的成员大多是破产的农民和城市里游手好闲之徒。清军入关之后并没有肆意烧杀劫掠，在这一点上皇太极很能把握分寸，为了稳固这些地方他接受了范文成的建议招募北方的士绅和原来明朝的官员来帮他管理这么大的区域，而此时正是这些官员们向皇太极献策，要进攻山东。
山东有粮食，山东有金银，山东有美女，反正世间应该有的好东西山东都有，很多曾经去过山东并且见识了山东富饶的人恨不得自己亲自去山东，更重要的是在这些人眼中山东就像一根刺一样让他们不舒服。凭什么高官厚禄让他们去享，又凭什么让那个潞王继承大统，而让山东的那些官员们得以名正言顺的鄙视嘲弄自己。所以这些人极力的主张进攻山东，在这件事上皇太极不是没有考虑过，尽管辽东和朝鲜更加富足，可是面对天下第一雄关，不但这些人都望而却步不敢提一个字，就是皇太极自己也不愿意去想，反而倒是山东虽然取得了淮海大捷，但是那被认为是明军过于懦弱。清军八旗和明军不同，他们的作战能力是有目共睹的，更何况河北和山东几乎没有什么雄关险隘，正适合八旗作战，趁着不是所有的战马都趴窝塌架攻占山东不失为明智之举。
在众多幕僚和朝臣们的撺掇下，皇太极心动了，可是他对于和我作战还是缺乏信心，毕竟他从来就没有占到任何便宜。但是形势发展的已经不容他再犹豫下去了，疫情不像从前那样逐渐减弱，而是越演愈烈，于是皇太极一咬牙留下了代善驻守京城，他自己则亲率15万大军向山东扑来。
这当真是不请自来，可惜遗憾的是我不能让皇太极得意，山东不同于徐州，一旦放清军进来不管最后战役的结果如何，都将给已经发展的有些模样的山东造成损失，所以决战境外的作战理念在一开始就被作为整场战争的基调。
指挥这次大战的自然是袁崇焕，同时潞王也在被邀请的行列，作为大同王朝的核心人物，他�