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但是莉莉丝降临地球时扩散出去的智慧因子已经开始发挥作用，慢慢进化出了人类，六千五百万年后，人类在南极发现了假死状态的亚当，因为地球上所有生物都拥有亚当的生命因子（亚当的生命因子加强的是整个星球的进化速度，但只有进化的最强的生物在灭绝后才能变成生命之果），引发了亚当的苏醒，造成了第二次冲击，但区区一支科考队的人类的生命因子并不足以完全复活亚当，亚当只能尴尬的处于“灵魂守卫放了一波大，结果发现目标血量还没自己多”的尴尬场面。
然后，人类找到了能量用尽的亚当，并持续抽取它的能量，最终迫使其退化到胚胎状态以维持生命，最后甚至被人类封印在树脂之中。
而在这个过程中，亚当也强行催化出了第十五颗生命之果也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先天不足（没有集合一个种族，仅仅吸收了科考队那几个人），因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划【死海文书，个人认为死海文书是一道精神意念而非真正的文字】，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅行。
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子（因为没有智慧树，所以只是因子，肉*体需要人工培育），并孕育出了绫波丽，同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯，碇唯的身体成为了智慧因子的载体，最终产生了无数绫波丽，而碇唯的灵魂则进入了eva，代替了本来需要牺牲一整个种族才能凝聚的种族意识（零号机直接就是莉莉丝的灵魂，二号机有明日香母亲的一部分灵魂，东治的三号机和设定本里有提到里面有东治他妈的灵魂）。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当（当然了，此时因为体内因子的关系，找的实际上是莉莉丝）。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利。
不过这时候，人类的劣根性便爆发了出来，魂之座（seele）每一个都想要成为人类补完计划的主体，于是培育搭载s2机关的量产机，袭击了nerv，不过碇原堂终究技高一筹，早在这之前就已经将亚当的胚胎植入了自己的右手（漫画里是吃下去然后出现在左手），借由亚当胚胎和自己与绫波丽的关系，理所当然会成为最后的主体，只有这样，才能够达成碇源堂内心深处的那个愿望与碇唯重新见面。
但就如亚当被莉莉丝的到来而打扰一样，任何事情都不会严丝合缝的按照你的想法行动，初号机通过吞噬力天使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子（当然还有s2机关），使得碇真嗣同样具备这个资格，于是在最后时刻，选择了碇真嗣的绫波丽，最终打断了人类补完计划，这也就是《真心为你》的剧情了。（至于新剧场版，除了画风感人和燃烧经费之外，我只当那是骗钱的再创作）
而整个故事中，最值钱的一部分，应该就是最后的人类补完了，不过巴别塔世界禁止更换血统，所以这部分对冯雪来说没啥用，反倒是莉莉丝最后那一发直接将全人类橙汁化的反at力场很有意思，冯雪觉得如果学会了这一招，就可以在不进行杀戮的前提下，直接将整个位面的人类精神化，然后收进自己的心象世界了。
第五百三十章 eva什么的不好开啊
“真嗣君，真嗣君？！”美里的声音打断了冯雪的思考，不知不觉，居然已经来到了一个并不怎么隐蔽的机械闸门前，伴随着闸门的打开，露出了后面车用电梯的结构。
“这里就是nerv的基地了。”
“nerv？”虽然冯雪对于这个组织的理解可能要比葛城美里还要深刻，但是此时却也不得不装出一副什么都不懂的小白样子来。
“对，联合国直属的非公开组织。”葛城美里点点头，丢出一个一听就非常厉害的单位所属，不过见冯雪一脸淡定的坐在那里，忽然觉得好生没趣，“你爸爸也在这里工作哦！”
“现在就要去他那里对吧？”冯雪的表情微微变了变，不过显然是变给葛城美里看的，作为一个职业骗子，冯雪不会忽视掉这种小小的细节。
“对啊，是这样没错，不过话说回来，你从你父亲那里拿到id卡了吧？”葛城美里合上手里的化妆镜，转身伸出了手。
“有的。”冯雪从包里取出了一张有些破破烂烂的纸（实际上是信件），id卡就在上面，话说回来，这玩意之所以会破破烂烂的，是因为碇真嗣无法接受自己老爹好不容易来次信，却只有这么一个没头没尾的玩意吧？
葛城美里没有在乎那仿佛被蹂躏了不知道多少遍的信纸，只是瞄了一眼id卡，便转身不知道从哪里抽出一个原谅色的档案夹来，而档案夹上，最引人注目的，应该就是那黑色的“极密”两个字了吧？
“nerv？”冯雪打开文件夹，就看到一连串密密麻麻的文字，如果是前世贴吧上看到这样的玩意，冯雪的回应基本就是一句“太长不看”。
不过这种时候，多读点书总是没错的，只可惜就算标注着极密，这份文档也不过就是用来糊弄下属的玩意罢了，别说是人类补完计划，就连eva的具体事宜也没有公开写明。
就在这时，冯雪只觉得眼前一亮，轨道电梯终于穿过了传说中的十八层装甲，进入了地下大空洞。
如同黄昏一般的光线，倒吊在穹顶的高楼大厦，宏伟的地下城市，让人难以相信如此大的工程只花了不到十年（nerv是在第二次冲击后建立的，范围缩小到十五年之内，而葛城美里是第二东京大学毕业的，说明她那时候还只是第二东那个京市，更重要的是，真嗣学校的历史老师曾经活过人类遭遇了内战，饥荒，瘟疫等种种灾难，不可能立刻就建立第三新东京市，再加上美里剧情发生时29岁，所以第三新东京市建造时间应该不足七年）。
“很棒吧？我们的秘密基地nerv的总部。”美里俏皮的眨了眨眼睛，自豪的说道，“这里可是重建世界的关键，人类最后的堡垒哦！”
“那个，你迷路了吧？”在第三次出现在同一条电梯上之后，冯雪终于忍不住问道。
“啊，这个……其实我也不是很熟悉这里啦……额……诶，律子你来的正好！”美里正尴尬的不知道如何是好的时候，面前的电梯忽然打开，从里面走出了一个看起来非常知性的进发女子，白大褂下面不知道为什么穿了一件连体泳衣，此时对方的脸很黑，不是黑白的黑，而是表情很黑，怎么形容呢？
嗯，就好像是那种随时都有可能拔出一把手术刀面无表情的把人解剖的那种。
“你在这里做什么呢，葛城一尉？”律子有些埋怨的说到，“现在不只人手不足，时间也很紧张……”
“抱歉抱歉！”似乎觉得在这么下去自己就要陷入老婆婆的唠叨之中了的样子，葛城美里立刻道歉道。
“唉……算了……”赤木律子似乎也没有继续说下去的意思，转头将目光投向了冯雪，“他就是那个男孩？”
葛城美里一听到关于工作的事情，脸色立刻严肃起来，道：“对，根据马尔杜克报告书选出的，【third children】（第三适格者）。”
“那么，请多多指教了。”赤木律子笑着对冯雪点了点头，不过那笑容无论怎么看，都觉得有些假。
……
大约过了十来分钟的样子，冯雪跟着两人上了快艇，在有些发红的培养液中，看到了紫色的巨大机器人，也就是传说中的初号机。
在一片漆黑过后，灯光骤然亮起，巨大的机械头颅就这么直直的盯着冯雪，令他产生了一种毛骨悚然的感觉
眼前这个大家伙，是个活的。
“这是由人类所制造的，终极泛用人形决战兵器人造人evangelion。”律子对着冯雪如此介绍道，“这个是初号机，在极其机密的的情况下制造出来的，我们人类最后的王牌。”
“好久不见了�