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有的霉菌菌丝很长，可以在原料上相互缠结，松散的制曲原料可以自然形成块状。酒曲上的微生物种类很多，如细菌，酵母菌，霉菌。这些不同的微生物的相对数量分布在酒曲的不同部位的分布情况也不同。有专家认为，酿酒性能较好的根霉菌在块曲中能生存并繁殖，这种菌对于提高酒精浓度有很重要的作用。块曲的使用更适于复式发酵法（即在糖化的同时，将糖化所生成的糖分转化成酒精）的工艺。
西汉的饼曲，只是块曲的原始形式。其制作也可能是用手捏成的。到了北魏时期，块曲的制造便有了专门的曲模，《齐民要术》中称为“范”，有铁制的园形范，有木制的长方体范，其大小也有所不同。如《齐民要术》中的“神曲”是用手团成的，直径2。5寸，厚9分园型块曲，还有一种被称为“笨曲”的则是用1尺见方，厚2寸的木制曲模，用脚踏成的。当时块曲仅在地面放置一层，而不是象唐代文献中所记载的那样数层堆叠。使用曲模，不仅可以减轻劳动强度，提高工作效率，更为重要的是可以统一曲的外型尺寸，所制成的酒曲的质量较为均一。采用长方体的曲模又比园型的曲模要好。曲的堆积更节省空间。更为后来的曲块在曲室中的层层叠置培菌奠定了基础。用脚踏曲，一方面是减轻劳动强度，更重要的是曲被踏得更为紧密，减少块曲的破碎。总之，从散曲发展到饼曲，从园形的块曲发展到方形的块曲，都是人们不断总结经验，择优汰劣的结果，都是为了更符合制曲的客观规律。
三麦曲制造技术的发展
在汉代以来，麦曲一直是北方酿酒的主要酒曲品种，后来传播到南方。《齐民要术》中所记载的制曲方法一直沿用至今。后世也有少量的改进。
1《齐民要术》中的麦曲
《齐民要术》中共有九例酒曲制法的详细记载。其中八种是麦曲，有一种是用谷子（粟）制成的。从制作技术及应用上分为神曲，白醪曲，笨曲三大类。其中神曲的糖化发酵力最高。
《齐民要术》中神曲和笨曲的糖化发酵能力有很大的差别。连作者本人也感叹道：“此曲（指神曲）一斗杀米三石，笨曲杀米六斗，省费悬绝如此”（注：杀米意指米的消化，即糖化发酵）。有的神曲一斗甚至可杀米四石。曲的用量占酿酒原料的3。3％~2。5％，笨曲为15％左右。神曲用量这样少，在历史上也是罕见的，因为即使在现代，黄酒酿造时，麦曲的用量也在8－10％左右。只有小曲的用量才可能是这样低。这说明《齐民要术》中所记载的神曲，曲中的根霉菌和酵母菌较丰富。作为麦曲来说，用曲量如此少，固然有许多其它原因，如曲的形体较小，制曲原料磨得较细，培养温度也较低。
2麦曲生产技术的进一步发展
（1）中草药配料的广泛使用
在北魏时代，虽然也使用一些中草药，但是种类少，且大都是天然植物。宋代的酒曲则有了很大的改变。宋代《北山酒经》中的十几种酒曲，几乎每种都加为数不等的中草药，多者十六味，最少的也有一味尤其注重所使用药物的芳香性。用药的种类有：
道人头，蛇麻，杏仁，白术，川芎，白附子，木香，官桂，防风，天南星，槟榔，丁香，人参，胡椒，桂花，肉豆蔻，生姜，川乌头，甘草，地黄，苍耳，桑叶，茯苓，赤豆，绿豆，辣蓼等。
用药方式：一种是煮汁法，用药汁拌制曲原料，另一种方法是粉末法，将诸味药物研成粉末，加入到制曲原料中。酒曲中用药的目的，按《北山酒经》：“曲用香药，大抵辛香发散而已。”至于明代酒曲中大量地加中成药，并按中医配伍的原则，把药物分成“君臣佐使信”，那又是另外一回事了。古人在酒曲中使用中草药，最初目的是增进酒的香气，但客观上，一些中草药成分对酒曲中的微生物的繁殖还有微妙的作用。
（2）曲块堆积方法的改良
北魏时代，酒曲一般是单层排布在地面上的，曲房的利用率低，而且，客观上，由于同一空间内，曲块数量少，所散发的热量少，酒曲的培养温度不会很高，故在《齐民要术》中，翻曲的间隔时间一般为七天。按现代的观点来看，应属于中温曲。
唐末成书的《四时纂要》中首次提到了一种改良的堆曲方法，不妨称之为“品字形堆曲法”，即原书中所说的“竖曲如隔子眼”。显然，采用这种堆曲法，在同一空间内所堆的曲块数量有明显增加。同一空间内，曲块数量增加，则散发的热量和水分都会大量增加，使密闭的空间内温度和湿度上升的速度加快，酒曲中微生物的生态环境也就随之发生变化，进而影响微生物的种类及其数量。从原理上来推测，高温曲的形成就具备了条件。高温曲对酒的风味会产生显著的作用。
从宋代后；块曲的种类越来越多；出现了挂曲，草包曲等。这些曲至今仍在一些名酒厂使用。现代以来，对机械化制曲也进行过实险。传统酒曲技术中的精华得以保留，发展了纯种制曲。从酒曲中分离到大量的微生物，经过挑选，将优良的微生物接入培养基中，使酒曲的用量进一步降低，酒质得到提高。
四小曲制造技术
除了北方的麦曲外，至迟在晋代南方已出现了团状的米曲。晋人嵇含在《南方草木状》中记载了南方的草曲，也即米曲，这是关于南方米曲的最早记载。
小曲一般是南方所特有，从晋代第一次在文献中出现以来，名称繁多，宋代《北山酒经》中共有四例。其制法大同小异：采用糯米或粳米为原料，先浸泡蓼叶或蛇麻花，或绞取汁。取其汁拌米粉，揉面米团。
传统的麦曲，完全采用天然接种微生物的方式。小曲的接种在宋代以前，也不例外。但在《北山酒经》中则记载了一种人工接种的方式，即：“团成饼子，以旧曲末逐个为衣”。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下，陈曲末便粘在新曲团的表面，陈曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲团上迅速繁殖，形成生长优势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种，这就可以择优汰劣。通过年复一年的人工选育，自然淘汰，质量优越的曲种（实际上是微生物菌种）就保留下来了。而天然接种的酒曲，酒曲中微生物的来源主要是水源，原料本身所带入，或者制曲场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传，酒质也就无法恒定。
明清时期，小曲中加入种类繁多的中草药，成为这一时期的特点。明代《天工开物》中说：“其入诸般君臣与草药，少者数味，多者百味，则各土各法，亦不可殚述”。这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964年搜集的四川邛崃的药曲配方中，有一例，其配方中用药达72味，合计50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中国财经出版社）。但小曲也有少加甚至不加药的。如明代的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来，小曲向药小曲和无药小曲两个方向发展。
小曲中的微生物主要是根霉，据有关科技工作者分离鉴定，在分离到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不仅具有糖化作用，还具有酒化酶，故具有酒化作用。小曲中还有许多其它微生物，现代工业微生物从中得到不少有益的菌种，继续为人类做出贡献。
五大曲的发展
元代以来，蒸馏烧酒开始普及，很大一部分麦曲用于烧酒的酿造。因而传统的麦曲中分化出一种大曲，虽然在原料上与黄酒用曲基本相同，但在制法上有一定的特点。到了近现代，大曲与黄酒所用的麦曲便成为两种不同类型的酒曲。明清时期，河南，淮安一带成了我国大曲的主要生产基地。
大曲是从麦曲中分化出来的，故在古代酒的文献资料中大曲的概念并不明确。一般指曲的形体较大的麦曲。这里所说的大曲，是指专门用于蒸馏酒酿造所用的麦曲。大曲与黄酒所用的麦曲的主要区别在于制曲原料，曲型和培养温度这三个方面。
1制曲原料
大曲的原料为豌豆，小麦和大麦。其配比也随各地而有所不同。豌豆在原料中占30％－50％。因此豆类原料的广泛使用，对于大曲中的微生物种类，相对数量，对曲香，酒香都具有重要的意义。
2制曲工艺
大曲的形体较大。如《天工开物》所描述的当时淮郡所造的曲是打成砖片。这种曲形延续至今。
大曲的生产工艺流程