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蔡元培初到北大时，北大国文课只有经史子集，外国文只有英文，教员只有旧派学者。蔡增加了戏曲和小说等科目；聘请了陈独秀、胡適、刘半农等新派学人；增开了法文、德文和俄文等外文学科。至此，北大新旧学者学者济济一堂：有主张新文化运动的胡適、陈独秀、鲁迅等人；有尊王、复辟的辜鸿铭、刘师培等；有中国共产主义的先行者李大钊，最早介绍无政府主义的李石曾，还有最早介绍爱因斯坦相对论的夏元瑮……此外，他还延聘了钱玄同、俞同奎、沈尹默等一批原有教员，聘用了只有二十三四岁的梁漱溟等一批年轻学者，请来了刚从美国留学归国的女教授陈衡哲，聘请数学系老教授冯祖荀，外籍教授、地质系的葛利普等，以及画家徐悲鸿等。
蔡元培经汤尔和介绍而知陈独秀与《新青年》，就任北大校长后，他便去拜访陈独秀。与陈同住的汪原放回忆，自那日后，蔡“差不多天天要来看仲甫。有时来得很早，我们还没有起来，他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候”。之后，蔡聘陈为北大文科学长。黄侃、马裕藻对此颇为不满，抱怨道：“陈独秀不过能写点笔记文，怎么能做文科学长。”蔡说：“仲甫精通训诂音韵之学，如何做不得学长？”
庄森曾发表《蔡元培为陈独秀编造假履历》一文，文中说：蔡元培（孑民）校长为了使当时的教育部批准陈独秀出任北京大学文科学长，造假说陈独秀曾毕业于日本大学，曾在安徽高等学校担任校长。实际上，陈独秀虽然多次到日本，但并未进大学，也没有当过安徽高等学校校长。
蔡元培说：“我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”在他“兼收”的办学方针指导下，当时的北大常有如此情形：黄侃在教室大骂钱玄同，而钱在对面教室如同未闻，照讲不误；梁漱溟和胡適打哲学对台，同时开讲哲学。
蔡元培的改革使北大的旧派学者颇为不满。北大请吴梅开设元曲课程，有人便造谣说在教室里唱戏；因陈独秀等人提倡白话文，又有谣传说北大用《金瓶梅》作为教科书。守旧学者更是直接在课堂中开骂。周作人就曾写到当时情形：“别的人还隐藏一点，黄季刚最大胆，往往昌言不讳。他骂一般新的教员附和蔡孑民，说他们‘曲学阿世’，所以后来滑稽的人便给蔡孑民起了一个绰号叫作‘世’，如去校长室一趟，自称去‘阿世’去。知道这个名称，而且常常使用的，有马幼渔、钱玄同、刘半农诸人，鲁迅也是其中之一，往往见诸书简中，（“五四”之后，蔡元培辞职，不久又回京主校。鲁迅对此甚为关切，在给友人的信中写道：“听说‘世’有可来消息，真的吗？”）成为一个典故。”
而在校外，研究系、安福系等旧派文人也对蔡元培发起了猛攻。林纾更是通过写小说的方式影射攻击蔡元培等人。林还给蔡写公开信，说学校里提倡非孝，要求斥逐陈独秀、胡適诸人。蔡回复道，《新青年》并未非孝，即使有此主张，也是私人的意见，只要在大学里不来宣传，也无法干涉。林深为恼怒，借徐树铮对蔡施加压力。后“五四”风潮勃发，这场新旧之争才平息下来。
旧派学者对蔡元培责难最深的便是对陈独秀的任用。周作人回忆：“北京御用报纸经常攻击仲甫（陈独秀），以彼不谨细行，常作狭斜之游，故报上记载时加渲染，说某日因争风抓伤某妓下部，欲以激起舆论，因北大那时有进德会不嫖不赌不娶妾之禁约也。”但蔡元培却极力维护陈，他还抬出辜鸿铭、刘师培两个旧派学者来保护陈独秀：“对于教员，以学诣为主，以无背于第一种之主张（按：指学术自由、兼容并包）为界限，其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱使学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”
但即便如此，蔡元培的兼收并包亦取得了很多旧派学者的拥护。在蔡、林之争中，辜鸿铭直接撰文支持蔡元培，称蔡“实为我孔孟旧学大功臣也”。五四运动后的“挽蔡”运动中，辜鸿铭在会上直言：“校长是我们学校的皇帝，所以非得挽留不可。”而黄侃则说：“余与蔡孑民志不同，道不合，然蔡去余亦决不愿留。因环顾中国，除蔡孑民外，亦无能用余之人。”
1920年，北大马克思学说研究会成立。1921年7月1日，中国共产党成立，北大马克思学说研究会拟在《北大日刊》上登出启事，正式公开自己的身份。启事写好后，罗章龙和另一个同学一起去找蔡元培，要求登载在日刊上，蔡同意登载。之后，研究会又准备在北大会议厅召开成立大会，蔡元培不仅答应了罗等人的要求，还出席会议并发表了讲话。之后，他又拨给研究会两间房屋，作为办公之用。
蔡元培还请国外知名学者到北大讲学。美国哲学家杜威从1919年5月开始在北大讲学两年。之后，英国哲学家罗素、法国数学家班乐卫、印度诗人泰戈尔、德国学者杜里舒和卫礼贤、法国学者维勃吕尔、日本学者福田德三、美国生物学家柯脱、银行家斯蒂芬、计划生育学家山格夫人等相继来校。1922年春，蔡元培请被日本政府驱逐出境的苏联盲诗人爱罗先坷到北大教世界语，月薪200元。
1921年，蔡元培在德国时，曾访问爱因斯坦，并邀请其访问中国。次年6月，爱因斯坦准备借到日本讲学之机，顺便到中国赴北大之邀。他让蔡出示一封正式邀请信，不想在日本等了五个星期，不见蔡回复，以为北大不想践约，遂改变行程。其实，当时蔡元培因请各团体联名邀请爱氏，文件往返耗时过长，而耽误了时间。等邀请信寄到爱因斯坦处时，爱氏的行程已经改变。
梁漱溟论及蔡元培时说：“所有陈（独秀）、胡（适）以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未必能作；然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发舒。聚拢起来而且使其各得发舒，这毕竟是蔡先生独有的伟大。”
罗家伦则认为：“蔡（元培）之取兼容并包主义，有时候也有太过度的地方。从前有一位刘少少，做了一部‘新改老’，可笑极了，蔡先生也让他在北大开门功课，可笑得很。”
【自由】
蔡元培主持绍兴府学堂时，学校风气相对自由。当时校中新旧两派师生常发生辩论，学堂餐厅便放多张方桌，每桌教员一位，学生六位，凡不与学生同桌的教员同坐中间圆桌，大家随意争论，气氛热烈。
在德国洪堡大学学习，蔡元培深受该校“思想自由、兼容并包”精神的影响。此外，蔡认为，中国教育传统就已经蕴含了这种精神，如《中庸》所言：“万物并育而不相害，道并行而不相悖。”只是这种兼容并包的思想因董仲舒罢黜百家，独尊儒术而受到压迫。因此，他认为，中国教育之改革必须循“思想自由之原则”。
萧禀原回忆：“1917年我考入北京大学中国文学门（即文学系），正值蔡元培先生任校长。……那年北大招收一批旁听生，我原来就读的河南省立二中有位姓杜的同学要求旁听，我去北大教务代为申请。教务处一位先生却说：‘座位满了，不能再收。’我说：‘座位没满，请你去教室看看。’教务处的先生不去。我气呼呼地去见蔡校长。校长室在红楼二楼上，也没有秘书阻挡，学生可以随便去找。我一进门，蔡先生看我怒气冲冲，便和蔼地说：‘你先坐下，休息五分钟，五分钟后你再讲话。’我坐了一会儿，便和蔡先生说了为杜姓同学申请旁听的事。我说：‘多收一个学生总比少收一个好。教室有座位，可是教务处的先生却说座位满了。请校长去教室看看是否有座位？’蔡先生听后，马上亲自打电话把教务处那位先生请来。我当着蔡校长的面对教务处的先生说：‘教室确实还有座位，不信你�