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《大乘起信论》是贤首宗根本论典，注疏丰富，影响至深，干百年来为国人所推崇。大师在普陀山闭关期间，温习台、贤、禅、净诸撰集，尤留意《楞严》、《起信》，于此得中国佛学纲要。又曾坐禅，闻前寺开大静的一声钟下，忽然心断，再觉，则见光明无际，从泯无内外能所中，渐现能所内外，远近久暂，回复根身坐舍的原状。……心空际断，心再觉渐现，苻《起信》、《楞严》所说。由于大师对《起信论》有着这样深刻的认识，在弘法热情和悲心的驱使下，撰写了《佛法总抉择谈》、《大乘起信论唯识释》，站在正统的佛教立场，为《起信论》辨护。
大师在文章中肯定《起信论》是马鸣造，真谛译。对于义理方面的非议，用唯识的理论给予调和、会通。其内容分二点解说：
l、对《起信论》立论依据的审定：世传马鸣是八地菩萨。而圣位菩萨造论，皆依自证现量智境。登地菩萨的心境，与异生心境及如来心境都不一样。异生心境是纯有漏，无分别智从未现行，如来心境是纯无漏，无分别智恒时现行。菩萨心境，有时有漏同异生，执障相应染法现行，有时无漏同如来，智证真如而无明现行暂断。《成唯识论》所说的等无间缘，第七转识有漏无漏容互相生，第六转识有漏无漏亦容互作等无间缘，皆依登地菩萨的心境说。此菩萨心有漏无间导生无漏，即可上同如来代表四圣；无漏无间导生有漏，复可下同异生代表六凡，这是地上菩萨心境的特点。《起信论》据此立说，所．以主张真如无明有熏习义，有缘起义，这与唯识家约因缘义，说有漏唯生有漏，无漏唯生无漏是不一样的。
2、对于真如含义的解释；一切法共通的本体名真如，真如体上不离不灭相一一真如自体相，或曰如来藏，即无漏种子，也称本觉；从大乘相大所起现行，即真如用，为能生世出世间的大乘用。真如体上可离可断相一一无明，为一切染法不觉相，即有漏种，是违大乘体的逆相，所起现行为三细六粗等。凡夫无始以来本觉无漏种未起现行，有漏种恒起现行，故名阿赖耶识，所谓生灭不生灭和合体。
又《起信论》所说的：“以有真如法，故有于无明”，“是心从本以来自性清净，而有无明”。自性清净，即心的真如体，亦兼指真如体不离的净相用，此净相用从本来未起现行，是无始法尔无漏种子，此心又具有无明，为无明染而有染心，即无始有漏种子恒起现行，成诸杂染法。虽有染心而常恒不变，是说虽然有漏现行，而真如体及无始无漏种不会变失。
由此看来，《起信论》所说的真如与唯识家所说的真如不同。唯识家的真如，是偏于理性的，而《起信论》的真如，是包括理性与正智。又《起信论》虽然未说种子，其实已具足种子义。这样， 《起信论》与唯识不是不相矛盾了吧。《起信论》代表着中国传统佛教思想，如被人推翻，中国佛教将要受到很大的冲击。大师特为会通，尽力扶持，澄清了许多人对《起信论》的误会。
与《起信论》一样，《楞严经》的真伪也为古今人们所争议，尤其是唯识法相学者一向疑为伪经。大师为维护《楞严经》在中国佛教的地位，撰写了《首楞严经摄论释》，《楞严经研究》。以为《楞严经》是中国佛学的大通量，未尝有一宗取为主经，未尝有一宗贬为权教，应量发明，平等普入。遂结合自身的悟境，沟通了《楞严经》与唯识不同之处，为《楞严经》的宏扬，起到不可估量的作用。
六、教观合一
中国近代佛教有二种倾向：一种人不重视教理的学习，抓住一句佛号，或一句话头，便苦修终身，一种人虽然终生学教，但只作为学问研究，甚至用考证方法，妄议经论真伪，坏他信心。大师以为这二种都是偏执一端，特别是用日本传来的考证方法，治佛学是不适合的。如《评大乘起信论考证》中说：日本西洋人治佛学，丧本逐末，背内合外，愈趋愈远，愈说愈枝，愈走愈歧，愈钻愈晦，原因是一切佛法都从释尊朗然大觉心海中流出，后来应时机而起波澜变化，终不能逾越此觉源心海的范围，此与西洋学术进化史截然不同。因此，我们不能用西洋人治学方法来治佛学，应该依教起观，解行相应，否则终不能得到佛法真谛。
唯识宗虽然理论丰富，但在观法方面只有见于《法苑义林唯识章》中的五重唯识观，而此书在学术界又很少有人注意。大师有感于此，依据唯识理论及实践过程，熔教观于一炉，撰《唯识观大纲》，立五种唯识观：
1、五位百法的唯识观：百法总摄所观一切法，五位是百法的种类。观五位百法：一、八种心王，是识的自体，二、五十一心所，与识相应，随识而有，三、十一种色法，识所变现，见分所缘，心自证知，四、二十四种不相行法，在心，心所，色法上分位假立，无独立自体，五、六种无为，是识实性，也不离识。由此观见法界一切诸法，皆唯识所变，次离一切染唯识相，证唯识性，次由证唯识性，而能如实了诸行， “犹如幻事等，虽有而非真。”由是证得圆满清净转依，性相不二，身土如一，是为究竟唯识。
2、依真有幻全幻即真的唯识观：包罗万有，唯是一心。此心性体，名曰真如，融贯凡圣，任持一切法种子、根身、器界，又名阿陀那识。有情的流转，由阿赖耶识为种子依，一念不觉，变现末那识，执阿赖耶识为我；变现根身、器界，为自所缘，变现意识，以意根为不共增上依，执根身器界为我，我所；变现五根，藏识摄为自体，安危与共，建立有情世间，变现器世间相，为赖耶见分所缘。又前六识在缘境时，以阿赖耶识所变的根身、器界为本质，自变相分，为自所缘。此为依真起幻，从幻返真的途径。由此可知，一念心起，无不依一真法界而起，无始无终，念念不息，即全法界尽在无明。所谓一念心动，万法生起，万法的产生，是唯识所现，故曰万法唯识。而唯识实性是真如，能知此义，就可以修依真起幻，全幻即真的唯识观。
3、悟妄求真真觉妄空的唯识观：这有四个步骤；一．悟现前妄执所缘境界，是遍计所执自性。二，根据做梦的经验，认识到心有境空。三、五心位，意识虽然不起现行，而末那，阿赖耶相似相续，未尝停息。四、无始来末那执本识见分为自内我，而有俱生法执，是为根本无明。此根本无明一明，则阿赖耶识转成离垢清净的庵摩罗识，庵摩罗识能任持一切法而不为一切法所蔽，境智相应，得大自在，是为唯识观的究竟。
4、空云一处梦醒一心的唯识观：以依空有云，全云即空，空云不碍的道理，喻依真有幻全幻即真的唯识观，以悟梦求醒，醒觉梦空的道理，喻悟妄求真，真觉妄空的唯识观。由此空云一空，梦觉一觉，是为一真无障碍法界的唯识观。
5，五重层次的唯识观：一、遣虚存实：是遣虚妄的遍计所执，存实有的依他、圆成，为空有相对唯识观。二、舍滥留纯：一切诸法皆不离识，识分心、境；境别内外。舍滥，乃舍去心内相分境，约百法中色法，不相应行法；所留为八识五十一心所。留能缘心，舍所缘境，是为能所相对唯识观。三、摄末归本：心，心所各有三分，自证分是体，相、见二分是用。摄相、见用，归自证体，是为体用相对唯识观。四、隐劣显胜：心王是胜，心所是劣，摄劣归胜，为王所相对唯识观。五、遣相证性：遣唯识事相，证唯识理性，事理相对，事尽理显，智都无得，入真唯识观。
唯识学在一般人眼中，全是理论缺乏具体观行，而在大师看来，所有的理论都是观行。五种唯识观告诉我们学习唯识理论如何依教修观，教观相应，不可偏废。这为扭转将唯识学作为纯学术研究，有着深远的意义。
七、编《慈宗三要》、提倡弥勒净土
“慈宗”又称“弥勒宗”，梵语弥勒，汉译慈氏，依据慈氏为宗，故名慈宗。慈宗不同慈恩宗，慈恩宗是依玄奘，窥基所住的寺院得名，其宗旨在主弘法相唯识教观。慈宗以宗奉慈氏菩萨，上生内院为宗旨，正如念阿弥陀佛求生极乐世界，专以阿弥陀佛为宗奉持名、观想。此亦如是，专念慈氏如来。
法相唯识教观，都依慈氏为根本，所以法相唯识宗的依据典藉一一六经，十一慈氏菩萨所说的《金�