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中世纪晚期内部的自我批评在后两个世纪中被公开的反叛所取代。在物理科学和生物科学中发生了一系列根本性的突破，到17世纪中叶，大多数科学和医学研究是在大学之外的地方进行的。尽管认为大学在这些进展中没有起作用并不正确（帕多瓦与医学传统是最显著的例外），但这一时期初期成立的科学学会和地方性学者团体，较之于传统的教育中心来说起到了更大的作用，这一点的确是真的。此时，已经听到了对新科学或哲学的大声疾呼，并要求取代亚里士多德派和盖仑派的训练，因为这些训练似乎并无用处，在精神上令人窒息，并且在神学理论上（有时）也不足以信。
对文艺复兴时期知识史—— 科学史和医学史应该包含在这个概括性术语中 —— 的任何研究，都必须重视人文主义的影响。我们已经注意到，文学人文主义较晚才进入各门科学之中。直到 15世纪下半叶，我们才在科学界看到了对古代经典作品同样的热心搜寻，而这些古代经典作品已经成为此前一个多世纪以来文学舞台的一部分。因此我们看到，正是在15世纪末期的几十年中，波伊巴赫和雷纪奥蒙坦在搜寻托勒密《至大论》的完整希腊语译本。在医学方面，利纳克雷和金特的同样努力出现得甚至更晚。这些科学与医学人文主义者的著作在近代科学发展中起到了必不可少的作用。哥白尼事实上是托勒密天动说复兴的产物，而维萨留斯和哈维同样反映了16世纪的盖仑学说。
这种形式的人文主义是《天体运行论》、《人体结构》和《心血运动论》背景中富有影响的部分。哥白尼对《至大论》的研究使这一著作成了新世界体系的基础，但经他之手，古代天文学的结构仍然清晰可见地保留了下来。与哥白尼地动思想相关的问题，将导致一门新运动物理学的产生和宇宙无限这一可能性所提出的难题。医学人文主义的意义也不亚于此，从帕多瓦传统到哈维血液循环的发现中都可以看到这一点。和文学人文主义者一样，这些学者型科学家和医生也崇敬古代权威，但正是他们的工作导致了古代权威的毁灭。一个运动着的地球要求必须有一个与亚里士多德的体系远远不同的物理体系，而盖仑的学说再也不能在因17世纪生理学新发现而获得改变的医学中统治下去了。
最后我们看到，同样的发现还具有神学上的意义，而这一点很少被发现者说起。虽然哥白尼的日心宇宙体系遭到了路德派神学家的攻击，但他本人却受到自己所在教会的尊敬。到了17世纪早期，这一形势发生了急剧变化。伽利略首先受到警告，后来又被宗教法庭起诉。笛卡尔害怕信仰哥白尼事业所带来的后果，于1633年仓促从印刷商那里撤回了他的《宇宙论》。虽然到此时，宗教原教旨主义要求对《圣经》进行原义诠释，但科学家们却回答说，《圣经》并不就是研究自然的指南。尽管自然神论（Deism）的出现仍然远在将来，但其种子已经播下。
文艺复兴时期的人文主义远比初看时来得复杂。当时人们不仅重新获得了古代医学和物理学经典，而且也重新获得了古代晚期神秘主义作品，而它们的影响不亚于盖仑和托勒密。马尔西利奥· 费奇诺翻译并研究了赫尔墨斯文集的秘密和柏拉图的《蒂迈欧篇》，试图揭示大宇宙和小宇宙之间隐藏着的各种关系，结果掀起了对自然法术及其所有相关领域重新感兴趣的热潮。占星术、炼金术、犹太教神秘哲学和毕达哥拉斯数秘学的学者们相互竞争，以期找到一把能解开宇宙秘密的新钥匙。
这种人文主义的倾向—— 赫尔墨斯派的、法术的和炼金术的 —— 在这一时期的科学中根深蒂固。这些学者一神秘主义者不断重复他们的这一信念，人应该研究上帝的创造物以便能够更好地理解造物主本身。对于他们来说，真正的科学和医学只不过是关于自然界秘密 —— 及其隐藏着的力量 —— 的知识。简言之，科学和医学两者都被看成是自然法术的。人应该通过观察那些将自然界各个部分联系在一起的基本和谐来学习。阿格里帕、波塔和狄都参加了这种通过自然对真理的神秘寻求。但在所有人中影响最大的就是帕拉塞尔苏斯派学者，他们公开号召摧毁古代权威。正是他们 —— 而不是帕多瓦的解剖学家或者哥白尼派学者 —— 看到了对一种新的不同的科学和医学的迫切需要，而且他们还确信，这种科学和医学将建立在他们自己的医学化学体系基础上，这导致了一场言辞激烈而又深具意义的论战。
所以我们必须开始就承认，这一时期的学者不仅熟知欧几里德、亚里士多德、希波克拉底、托勒密和盖仑，而且也熟知赫尔墨斯全集和炼金术士与占星术士的著作。这一时期也确实存在着对建立一门新哲学的广泛吁求，而且再次表明，这既是培根、笛卡尔和伽利略的梦想，同时也是帕拉塞尔苏斯、康帕内拉和玫瑰十字会会员的梦想。尽管我们指出数学抽象和量化的出现对于近代科学的发展来说是必不可少的，但这在当时的意义似乎不如现在这么重要。对于当时的许多人来说，回复到“ 真正的 ” 神秘主义和自然法术似乎远为重要。这条通向新哲学的 “ 其他道路 ” 无论在哪里都不如在 17世纪早期的科学乌托邦中更加明显。
正是这种“ 理性 ” 和 “ 非理性 ” 之间持续不断的相互影响继续把我们的注意力引向罗伯特 · 弗拉德的论战和范 · 赫尔蒙特对改革的吁求。弗拉德是 16世纪文艺复兴时期赫尔墨斯神智学信奉者的精神继承人，其著作成了论战的风暴中心。对他著作的主要攻击来自于开普勒、梅森纳和伽桑狄，这些学者原本就是数学家、天文学家和物理学家。我们还可以把弗拉德与其对手的交锋视为产生于文艺复兴时期文学人文主义传统和赫尔墨斯人文主义传统之间旷日持久论战的后期表现。
至于范· 赫尔蒙特，他与许多同时代人一样致力于用一种新科学取代古代哲学，但他却公开反对帕拉塞尔苏斯较为神秘的著作、弗拉德选集以及所有这些强调神秘主义与法术的炼金术和医学化学的作者。因此，尽管他们都赞同需要一种化学论哲学，但弗拉德和范 · 赫尔蒙特在方法上显然不同。有趣的是，前者遭到早期机械论者激烈攻击，而后者的著作则得到了仔细阅读和欣赏。作为一个笃信宗教的人，范 · 赫尔蒙特只不过要求一种与教会控制相分离的新哲学。而且，范 · 赫尔蒙特后来被公认是自然研究新方法的奠基人，这种新方法与 17世纪第三个25年中机械论哲学家的方法匹敌。由于受到宗教法庭的起诉并被软禁，范· 赫尔蒙特的情况在许多重要方面与伽利略相似。
人的改善：教育、农业和战争
到17世纪中叶，许多人都公开谈论今人与古人之间的论战，但他们完全懂得这个问题十分复杂。正如我们认为，最具批判性的论战很可能发生在机械论者和化学论者之间。这从17世纪中期几十年间的英国文献中得到了最好说明。内战（the
Civil War） ① 与王权空白 （the
Interregnum） ② 促使人们在共和政体 （the
monwealth） ③ 期间提出了范围广泛的改革建议。这些建议中许多计划特别涉及到教育改革，其中包括彻底变革大学课程的要求。赫尔蒙特派学者们坚决主张，在因政治革命而进行宗教改革的同时，也要将高等教育建立在源于自然的新观察资料的基础之上。
①指 1642 — 1649 年英王查理一世与议会的战争。——译注
②指 1649 — 1660 年英国王位空缺时期。——译注
③指 1649 年克伦威尔处死英王查理一世后开始到 1660 年封建王朝复辟时止的英国共和政体。——译注
这些建议中最令人感兴趣的也许就是由约翰· 韦伯斯特于 1654年提出的。他起先是一个清教徒，后来又成为一名不信奉英国国教的新教牧师，年轻时学习过炼金术，并懂得足够的医学知识，曾作为一名外科医生（兼随军牧师）在奥利弗· 克伦威尔 （Oliver
Cromwell） ④ 的军队中服役。由于确