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起的功绩！天花病毒，该是典型的“外因”了。但我们仔细一回想，它的消灭靠的是什么？是对这个病的“特效药”消灭了“外因”天花病毒？不是，是靠了普遍的预防免疫接种而实现的。也就是说靠的是人们普遍接种了减轻了毒力的疫苗——牛痘苗从而使被接种的人产生了抗体，得到了免疫能力而消灭的。现在分析：疫苗，是减轻毒力的天花病毒，是典型正宗的“外因”。这个外因只有通过内因——即机体对它起了反应而产生了抗体，才能起到免疫的作用。如果机体对这个疫苗不“感受”，不起反应，不产生抗体，也就无所谓免疫的作用（即所谓“接种失败”）。这类例子正是外因必定要通过内因才能起作用的证明，不正说明了“中医内因论”的优越吗？
但是且慢，以上所述，是否就说西医的“外因论”（笔者这样称它）就不重要了呢？不，不能，两者不能偏废。因为中医学虽然比西洋医学要早得多发现了天花的传染性以及类似的预防方法，但是因为没有能明确认识具体的病原物，更不能定性定量，所以也就形成不了完善的预防方法。比如在牛痘苗问世之前，我们的先辈是早已发现了它的强烈的传染性的，但是什么东西在传染？不清楚，只知道是一种“疫毒之气”在作怪。后来发现了病人的痘痂有预防免疫作用，于是创造了一种用痘痂（中含天花病毒，应是活疫苗了）让健儿接触以达到人工免疫的目的。但是因为这个方法不知道痘痂里含的是什么样的“疫毒邪气”（即不能定性），又不知该用多少量（即不能定量），所以也有很多健儿因“接种过量”，反而引发大病而丧生的（即不能人为地控制感染）。这个缺陷，也只有到了西医学，知道它是由天花病毒引起的（定性），并通过牛痘苗的制作，减轻了毒力（定量）之后，才能安全接种而万无一失，因而消灭了这一人类的顽敌，这又说明了西医学的长处。
但从总的说，是否可以认为发展“内因论”的优势还是主要的？又举个例：治病如整一块地，“外因论”还只是杀虫（抗病原物）、培土（营养疗法等）一类的措施；而“内因论”则是在这块地“浇上水泥”，什么毒草毒虫都不能长，就更全面了。但这“水泥”如何“浇”法？就学天花牛痘的办法，大搞疫苗？从长远看也似非完满，仍只是单独作战各个击破的办法。新近搞基因改造，是对路了，但是还不够。笔者认为可以换个思路，到老祖宗中医的养生学（又叫“摄生”）里去找找看。《黄帝内经》里（素问·上古天真论）里就有一段说：“……恬憺虚无，真气从之，精神内守，病安从来？是以志闲而少欲，心安而不惧，形劳而不倦。”这段话是说：“……只要做到清心寡欲，不紧张，不急躁，心理安定了就没有什么心慌的，加上合理的体力劳动……能够这样，又怎么会得病呢？”这就是说还是要从更高层次的、宏观的、心理的、精神的方面加以探讨，再加上物质的微观研究的成就，两相结合，就更全面而相得益彰了。
【问】不是说，中医学里也曾有过类似病原物的记载吗？
【答】是的，在中医学里，我们的祖先们在长期的医疗观察中，对一些传染性疾病的传染性及传染因子是有所觉察的，有的描述也很详细，但终因限于时代条件，没有超出臆测推断论说的阶段，远远没有形成明确的病原学概念。
为说明以上道理，举肺痨病的“痨虫”为例说明：“肺痨病”，是中医病名，相当于现代医学的“肺结核”，它的病原是结核杆菌。虽然远在唐宋时代，我们的先辈们就已经说它是由“痨虫”、“瘵虫”等引起的（肺痨中医又名“痨瘵”），并且也已发现了它的可怕的传染性。比如当时的医书《济生方》里就曾详细地描述它：“传变不一，积年染疰，甚至灭门……”（语译：传染很广，不断流传，甚至毁了整个家族。）这和西医说的“结核家庭”相同。又古书《直指方》说“痨证有虫，患者相继……”，“瘵虫食人骨髓”。但笔者认为当时所说的痨虫、瘵虫等等，也只是对这个病的传染因子臆测推理的描述，并不是说当时就已经发现了今天所知道的“结核菌”等病原物。所谓痨虫的“虫”，只是说明有这个因子而且很小而已。因为在当时，人们所能知道的，只有“虫”是最小的。既然看不见，但又会传染，那么猜想只有“虫”才是可能的了。并且由于肺痨病人最后的消瘦是常见症状之一，古医书中所谓的“大肉尽去”，所以更猜想说是痨虫、瘵虫更能吃人的骨髓（中医书里，认为骨髓也是十分宝贵的物质）。可见都是一系列的想象和臆测。他们远不知道传染物既不是“虫”，也非“食人骨髓”，而是结核菌侵入肺部后引起的一系列变化和反应。
为更进一步说明“痨虫”说法的形成，下面试摘旧日《辞源》（午八六）（《辞源》戊种二册，民国四年初版，商务印书馆）中“痨虫”条目下的内容，就能十分清楚地说明这个问题的来龙去脉了：“旧称传染肺病之微生物为痨虫。唐段成式异疾志。载河南刘崇远有妹为尼。常有一客尼寓宿。病痨。瘦甚且死。其妹省之。众共见病者身中有气如飞虫。入其妹衣中。病者死。其妹亦病。茶香室丛钞谓此即今俗所谓痨虫也。”（语译：以前称传染肺病的微生物叫“痨虫”。唐朝人段成式有一部叫《异疾志》的书，其中载有一段说河南人刘崇远，有个妹妹是尼姑，时常有一位外地来的尼姑到她这里借宿。这客尼有痨病，消瘦不堪，而且就将死去。他的妹妹去看她，大家看见病者身体中有像飞虫一样的东西飞进他妹妹的衣服中。后来病者（客尼）死了，他妹妹也病了。《茶香室丛钞》这部书说，这本书（《异疾志》）中所说的飞虫，就是现在所说的“痨虫”了。）从这段文字中就可看到所谓“痨虫”一词的形成，就是说，人们先是在长期的实践中发现了这个病的传染性，那是什么东西呢？既看不见又摸不着，就只有臆想成看不见的“飞虫”了。《辞源》、《异疾志》、《茶香室丛钞》等等，都是一般的书，都不是医学专著，严格地说，不足为凭，但从此可以看出“痨虫”这一概念的形成，而且其影响极深远。比如就笔者所知，旧时还有人当肺痨病人死亡时，有人就立即将他的口鼻闭住，说是以防痨虫飞出传染他人。殊不知，这个传染物并非“痨虫”而是结核病菌，它早在病人去世前就已在空气中传播了。另外，从这些文献中也可看出中医学里的一些名词、观念的形成。因为当时缺乏定性定量的手段，许多都是在实践经验的基础上臆想推断出来，然后再用它的理论如阴阳五行等等加以解释的。
又举一例：疟疾，在有了完整病原学的西医学里，已经知道它是一种由疟蚊传播了一种叫疟原虫而引起的传染病。在中医学里，这些当然是无法知道的，但中医学却也已知道这是感受了一种笼统地称为“疟邪”所引起的病，而且也发现了它的传染性，更发现了它流行的地域性。如《医学入门》一书中就说：“疫疟一方，长幼相似。”《诸病源候论》一书里也提到“瘴疟”一症系由感染了“疟邪”的毒气而起，并说多发于“岭南”、“山瘴”之地等等。“瘴”《辞源》说是“山川湿热蒸郁之气，人中之辄病”。（语译：“瘴”，是山水之间的一种湿热蒸发出来的毒气，人吸入或接触了便常会生病。）这里所指的“疟邪”，是说明它的传染因子，“山瘴之地”，说明它流行的地区性，但是尽管如此，却并不等于说当时已发现了现在已知的疟原虫。更不可能明确这“山瘴之气”是由于岭南地区易于滋生疟蚊因而起了传染作用的缘故。这也正如在科学史上在发现“氧”之前，只知称它是“燃素”一样。像这些，又是在研读中医古书时要细加分析的。
没有病原学概念，不知细菌、病毒，确是中医学里一个很大的不足。比如它没有明确的病原概念就没有明确的针对性，因此虽然它的某些药物方剂有着十分显著的疗效，但过去就没能筛选出像现代所知的“特效药”来……
没有明确的消毒概念，特别是灭菌、无菌概念的缺乏，所以中医的外科手术学就远远地落在西医后面。且慢，不是说远在三国时代的华佗，史书写着他的外科手术当时就到了颇为惊人的程度吗？对，这是事实，的确值得我们自豪。但当时为什么没有看到推广应用的记载？为什么在此后漫长的岁月里