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在731部队的庞大机构中，除8个部和4个支队外，还有1个研究所， 即大连卫生研究所。其前身是满铁卫生研究所，1925年8月，始建于大连市下葭街20号。 它是日本侵略者设在中国的第一个细菌研究机构，相继开展了对细菌、血清、疫苗的研制及病理、化学的研究和药品、饮用水、食物的实验。“九·一八”事变后，它不断增加人员，扩大规模，设置了血清贮藏库、鼠疫研究室及鼠疫预防液制造室等。731部队本部移驻平房后，大规模的细菌战的研究和细菌的培殖、细菌武器制造急需防疫及其研究也同步进行。其中，血清和疫菌是至关重要的。因为731部队在进行细菌战研究和实验的过程中，使用血清和疫苗既可检验细菌和病毒的效能，又能防止队员被细菌和病毒传染而丧命。为此，日本关东军以军方需要血清和疫苗为由接收了满铁卫生研究所，并将它划归731部队管辖，改名为大连卫生研究所，又称“满洲第319部队”单文俊：《深究大连731》。；同时对其业务做了调整。该所所长是安东洪次医学博士。下设有研究课、制造课、资材课、总务课等，总数约250人。研究课主要负责研究鼠疫、霍乱等约10种传染病菌，定期到哈尔滨接受课题任务。制造课人员最多达150人，主要担负制造细菌、 药剂和繁殖动物，其中饲养跳蚤是一项重要工作。该所与本部一样，也进行活人实验。据战犯潮海辰亥供认，曾批准过一次活人细菌实验。《细菌战与毒气战》第174～175页。
三各种惨无人道的细菌战实验
731部队进行的细菌战实验，从实验对象上可以分为利用动植物进行的细菌战实验和以活人为对象的细菌战实验；从实验场所上可以分为实验室实验和野外实验。
1利用动植物进行的细菌战实验活动
细菌研究离不开对细菌传染媒介物的研究， 而细菌传染的最理想的媒介物就是某些昆虫，这些昆虫的宿主又往往是某些动物。因此，细菌的研究离不开动物。动物既可以培殖疫菌，又可以检验疫菌的效力，还可以充当传播疫菌的工具。所以，731部队、100部队等都非常重视利用动植物进行细菌战的实验活动。为此，它们饲养了大量的各种各样的动物。其罪恶目的就是为了研究和生产残杀人及牲畜的传染病菌，进行细菌战争。
在731部队，设有石井特别饲养班。由于这个班有特殊的重要性，所以，班长是由石井四郎的三哥、畜牧师出身的佐级军官石井三男担任的。这个班有数十栋动物舍，分别饲养着牛、马、羊、猪、狗、鸡、骆驼、猴、江猪和各种鼠。鼠是从日本专程运来的。由于供不应求，所以，731部队便极力在中国东北的各种鼠中寻找替代鼠种。当他们通过研究发现黄鼠是一种有效的传染细菌的动物以后，一面发动大批人马捕捉，一面组织专业人员进行大力繁殖。
在731部队，还有田中昆虫研究班，也叫“田中研究室”，班长是田中技师。田中班的昆虫动物舍专门研究和培殖跳蚤、虱子、臭虫、苍蝇、蚊子等。 这里饲养的红眼老鼠的特殊用途就是通过它繁殖跳蚤。在这里，为了保密，日本人把跳蚤叫“粟子”，把虱子叫“穗子”，把老鼠叫“饼子”。
在731部队，老鼠的用途最为广泛。因此，731部队及其各支队，都把繁殖鼠类作为主要任务。石井特别饲养班饲养的老鼠数量最多，连负责它的日本雇员也说不清到底有多少。 所以， 人们称731部队为“老鼠部队”是不无道理的。
1941年6月22日，法西斯德国对苏联发动了大规模的侵略战争。当时，日军参谋本部向731部队发出了加紧准备细菌战争并于短期内必须完成培殖200 公斤跳蚤的任务的训令。为此，石井四郎立即召开各部部长会议。他说：“一切扩大细菌武器生产办法之所以必须施行，因为国际形势已发生变化，已开始的德对苏战争和关东军准备实施反苏军事措施的‘关特演’计划，要求我们军队应当充分具有细菌武器，以及在必要时去反对苏联。”
然而，当时731部队包括各支队在内，最大生产能力是3～4个月繁殖出45公斤（约145亿只）跳蚤。这是一个十分惊人的数目。尽管731部队具备生产和储存足以够用的各种细菌的条件以及随着战争的进展与扩大所需要的细菌，但是，由于跳蚤、虱子、臭虫等细菌传染媒介物的生产既需要有计划地按规定的程序进行，又因为其生命有限，不可能大量、长期地储存，所以，要繁殖200公斤跳蚤， 至少需要一年多的时间。为了在“短期”内繁殖200公斤跳蚤，惟一的办法是扩大生产规模。然而，由于细菌传染媒介生产量的增大，存栏的鼠类数量又远远满足不了采血和繁殖跳蚤的需要。于是，根据第二部部长太田澄和器材供应部部长大谷章一的建议，以中国东北的黄鼠、土拨鼠代替日本白鼠，作为跳蚤的宿主进行大力繁殖。
1945年5月以后，战事更加紧张，日军参谋本部要求731部队短期内生产1～2吨跳蚤，所以，老鼠更是供不应求了。于是， 石井四郎召开各支队长及大连卫生研究所所长会议，叫嚣为分担日军苦战的困难而全力以赴地加紧准备细菌战。一时，731部队饲养鼠类的品种和数量成番论倍地增加，甚至连石井特别饲养班的鼠舍都容纳不下了，不得不在本部楼的走廊里也摆满了鼠笼子。各个支队也把主要力量投放在老鼠的繁殖上。 日本关东军还把饲养老鼠纳入了备战计划，命令各军事机构、陆军医院以及各军用仓库都要饲养白鼠，供给731部使用。为了解决老鼠数量不足的问题，731部队采取了捕捉黄鼠的办法。他们分别组成专业捕鼠队到荒郊野地和城镇、村屯去捕捉黄鼠。有时还抽调劳工参加捕鼠队。
除饲养、捕捉外，731部队和日伪当局还采取摊派的方式， 向东北人民强征黄鼠。 731部队通过伪平房区事务所向“平房特别军事区域”内的居民索征黄鼠，每月每户必须上缴5只。铁路沿线和各支队附近地区征收黄鼠的任务量更大， 包括学生在内，每人每月必须上交5只。1945年2月12日，日本关东军向 伪满洲国兴农部提出了索要黄鼠的计划。于是，伪兴农部次长给四平、奉天、龙江、滨江、北安、锦州等省发出通知，要求在本年内捕捉黄鼠30万只，由协和会、青年团协助。
731部队等除大量利用老鼠进行细菌战的各项实验外，还用狗培殖狂犬病菌，用马研究炭疽和鼻疽，用牛和羊以及猪制造牛瘟和羊瘟与猪瘟，用鸽子进行病菌的传染。在植物方面，它们不定期从事植物病毒的研究。例如用小麦进行“黑穗病”传染。
2以活人为“材料”进行的细菌战实验活动
日军在准备细菌战的过程中，在大量生产鼠疫、伤寒、霍乱、炭疽等细菌的同时，还进行以活人为材料的细菌及细菌武器效能的实验。这种实验是惨无人道、灭绝人性的。日军细菌部队在侵华期间，通过这种实验杀害的中国军民数量之多是十分惊人的。据日本细菌战犯供称：“第731部队内每年因受烈性传染病实验而死去的囚犯，大约不下600人。”川岛清受审记录摘录，《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，第61页、第121页。“本部驻扎在平房站附近的5年之内，即从1940～1945年间，通过这个杀人工厂，因染致命细菌而被消灭的，至少有3000人。”川岛清受审记录摘录，《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，第61页、第121页。。另外，据�