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元兴元年（402）三月，孙恩进攻临海。几年战争，起义军损失惨重，这次进攻，已是强弩之末了。孙恩进攻临海失败，知大势已去，便与部下一起投水而死。
桓玄的篡位在孙恩农民起义期间，东晋统治阶级内部的斗争也异常激烈，这主要是围绕着桓玄的夺权、篡位活动而展开的。
公元398 年，桓玄、殷仲堪、杨佺期以讨司马尚之为名，进兵建业。后因王恭被杀，退回荆州。后来，桓玄火并了殷仲堪和杨佺期。东晋朝廷命他都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州和扬、豫八郡诸军事，兼任荆、江两州刺史。桓玄又以兄桓伟为雍州刺史，从子振为淮南太守，朝廷也只好依他。这样一来，桓玄所控制的地区，以荆州为基础，西起梁（今陕西省南部），益（四川），宁（云南），东抵建业近郊。
但桓玄并不以此为满足，他想作皇帝。他写信给元显，指责朝政日坏，在朝君子不敢说话，致酿成孙恩之祸。元显看了信，非常害怕。谋士对他说，桓玄刚占据荆州，人情未附，应乘此时机，进军讨伐。元显决定发兵征桓玄，以镇北将军刘牢之为前锋都督，自为骠骑大将军，征讨大都督，都督十八州诸军事。
桓玄听得元显发兵，一面发檄文数说元显罪状，一面挥师东下，直指建康。历阳一战，俘豫州刺史司马尚之。司马休之败逃。
元显所依靠的是北府将领刘牢之，但刘牢之率军投降了桓玄。元显不战而溃，被俘。桓玄入建业，杀元显。公元403 年，桓玄废晋帝，自为皇帝，国号楚。
桓玄对于东晋腐败政治是想加整顿的。据《宋书·武帝纪》记载，晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓不得保其产业。桓玄“颇欲厘改，竟不能行。”桓玄作皇帝没有几个月，就失败了。
北府兵是一支较强的军事力量，桓玄代晋后，对北府兵一直心存疑虑。
当时北府兵最高的将领是刘牢之。刘牢之先是背叛王恭投降元显，后又背叛元显投降桓玄，桓玄对刘牢之不信任，对北府兵也存有戒心。桓玄开始有计划地消灭北府兵中有影响的人物。他先借故杀了刘牢之，后又杀北府诸将。《晋书·桓玄传》记载：“玄又害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史季武、冠军将军孙无终等，皆刘牢之之党，北府旧将也。”
桓玄对北府兵的疑惧并非是无端的猜测，北府兵确实足以构成对桓玄的威胁，日后，桓玄果然败于北府兵将领刘裕之手。刘裕在镇压孙恩起义中有勇有谋，已日露头角。桓玄对刘裕的军事才能是很赏识的，评价很高。但，因之也颇有疑忌。桓玄篡位前，他的从兄卫将军桓谦与刘裕密谈，探听刘裕的口气。刘裕说：“楚王（桓玄），宣武（桓温）之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”（《宋书·武帝纪》）桓谦高兴地说：“卿谓可尔，便当是真可尔！”桓玄篡位后，刘裕随徐、兖州刺史桓脩入朝。桓玄对王谧说：“刘裕风骨不桓，盖人杰也。”桓玄的皇后刘氏对桓玄说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”桓玄说：“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关河平定，然后别议之耳。”（《资治通鉴》卷一一三晋安帝元兴三年。参看《宋书·武帝纪》）这些都反映桓玄对刘裕又疑忌又赞赏的情绪。刘裕以劝进的手段和伪装的忠心取得桓玄的信任，但同时他却在京口和北府旧人刘道规、刘毅、孟昹、何无忌、诸葛长民等密谋推翻桓玄了。
安帝元兴三年（404）二月，刘裕在京口，刘毅在广陵，同日起兵。刘裕杀徐、兖二州刺史桓脩。刘毅杀青州刺史桓弘，领兵渡江至京口与刘裕军会合。众人共推刘裕为盟主，统众向建康进发。
桓玄听得刘裕等起兵，甚为震惊。如何对付，可以有两条战略安排。一是出兵东下迎战，一是在建康待敌。桓谦等主张前者，桓玄主张后者。桓玄说：“彼兵速锐，计出万死。若行遣水军，不足相抗。如有蹉跌，则彼气成百我事败矣。不如屯大众于复舟山（今南京市东北）以待之。彼空行二百里无所措手，锐气已挫。既至忽见大军，必惊惧骇愕。我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走。此策之上也。”（《宋书·武帝纪上》）桓玄虽这样决策，但因桓谦力争，遂一面以侍中、后将军卞范之屯复舟山西，桓谦屯复舟山东北，一面派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷率兵东向迎敌。
刘裕和吴甫之、皇甫敷的军队在江乘（今江苏龙潭）相遇。刘裕手执长刀，大呼冲阵，众皆披靡、裕手起刀落，斩吴甫之于军前。刘裕军进至罗落桥，又大败皇甫敷军，斩皇甫敷。吴、皇甫，皆桓玄之骁将。两将死，桓玄大惧。
刘裕军进至复舟山东。桓谦的兵，多北府旧兵，素畏刘裕，闻刘裕到，没有斗志，刘裕与刘毅分兵为数队，进突桓谦阵。刘裕身先士卒，将士皆殊死战，呼声动天地，无不以一当百。桓谦军大溃。
桓玄知桓谦等大军败绩，遂仓惶离开建康逃回荆州，收集战士，得二万多人，楼船、器械甚盛，遂又帅军东下，与刘裕大战于峥嵘洲（今湖北黄冈附近）。此战桓玄败北，被杀。桓家在上游荆州等地是有基础的，桓玄虽死，桓谦和桓玄从子桓振等在荆州继续抗击刘裕，有一年左右，才最后被消灭，桓玄退回荆州时，是带着东晋安帝一起走的。安帝是个白痴，又被刘裕迎回去，复了皇位。东晋军政大权，遂落入刘裕之手。
刘裕的专权和东晋的灭亡义熙五年（409），刘裕因南燕对边境的不断骚扰，率军北伐。四月，刘裕自建康出发，率舟师沿淮河、泗水，至下邳（今江苏邳县南），留下船舰辎重，自陆路至琅邪（今山东临沂北）。所过之处，皆筑城，留兵守之，以防南燕人断其后路。
刘裕率大军过了大岘山天险，见燕兵没有防备，大喜过望，说：“兵已过险，士有必死之志。余粮栖亩，人无匮乏之忧。敌虏已入吾掌中”（《资治通鉴》卷一一五安帝义熙六年）。刘裕进军与南燕军战于临朐南，这一战役，是两军的主力决战。南燕几乎全军覆没，南燕主慕容超只身逃回广固。次年二月，刘裕攻破广固城，生擒慕容超，斩于建康。南燕王公以下被杀者三千人，家口投入者万余。南燕亡。
正当刘裕进兵南燕、围困广固的时候，孙恩的余部卢循、徐道覆想乘机袭取建康。徐道覆是卢循的姐夫。在孙恩失败后，卢循为了保存实力，接受了东晋任命的广州刺史官职，在广州住了五年零四个月。
410 年二月，卢循与徐道覆分两路出兵。卢循自始兴（今广东韶关市西）攻长沙，走现今湖南一线，这是西线。徐道覆出南康、庐陵、豫章，走今江西一线，这是东线。
东晋江州刺史何无忌自浔阳迎击徐道覆。两军战于豫章。何无忌大败，战死。刘裕闻讯，慌忙班师南归，自己只带几十个人，于四月间赶回建康。卢、徐合兵，沿江顺流而下，与刘毅的军队遇于桑洛洲（今江西九江东北）。毅军大败，辎重所弃，堆积如山。建康人心惶惶，有人主张过江暂避。卢、徐顿兵建康城下两个月，师老兵疲，给养困难，只好南撤，退守寻阳。此后，卢循、徐道覆与刘裕屡战不利，决计退军先取荆州，又为刘裕所败，遂退回广州。徐道覆退保始兴，因险自守。411 年二月，晋军攻破始兴，徐道覆被杀。三月，卢循率部到广州，广州城已为刘裕从海路登陆的军队所攻取。卢循转战奔交州，兵败投水而死。自399 年孙恩起义至411 年四月卢循的失败，这次农民战争前后持续了十一年零五个月。
灭了南燕，又灭了卢循、徐道覆，刘裕开始整顿政治、社会各方面的问题。东晋的政治社会问题，主要是门阀和豪强的土地兼并和对于劳动力的强占，致使广大人民流离失散不得温饱。刘裕的整顿，矛头也必然指向门阀和豪强。《宋书·武帝纪》记载：“公既作棘，大示轨则，豪强肃然，远近知禁。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千余人。公诛亮，免会稽内史司马休之。”诛虞亮，是在义熙七年（411）。虞亮是门阀大族中以身试法之第一人。就在这一年，刘裕恢复了秀才、孝廉策试的制度，这就阻断了门阀士族的仕进之途。“先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人。公表天子，申明旧制，